Hapmap用户指南.pdf

国际人类基因组单倍体图计划 网站用户指南 Gudmundur A. Thorisson 1*, Albert V. Smith*, Lalitha Krishnan, and Lincoln D. Stein Cold Spring arbor Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring arbor, NY 11724 翻译： ej idong 国际人类基因组单体型计划网 （http :// ）是获取国际人类单 体型图计划部分基因分型数 的主要门户网站(Gibbs et al. 2003) 。在计划的第一 阶段，来自全世界4 个人群的270 个样本共检测出了110 多万个SNP 位点 (Consortium 2005) 。该网站向研究者提供用于数 分析的工具以及允许其下载数 以便进行本地分析。本文提供使用这些工具的详细指南，包括：检索基因分型 和基因频率数 ，关联性研究中标签SNP 的选择，单体型作图，相互关系的排 列测验。 国际人类单体型图计划的目标是对人类基因组中常见遗传多态性作图和推 断，以推动针对人类疾病遗传因素的研究。该计划第一个重要的里程碑是在2005 年春天，完成了对4 个人群超过110 万个SNP 的基因分型检测，第二阶段准备 完成另外460 万个SNP 的检测，并计划于2005 年秋完成。 该计划的数 可在 apMap （http :// ）网站无限制获取。该网 站提供数 集的批量下载，以及独有的交互数 浏览与分析工具。自2003 年9 月向公众开放以来，来自100 多个国家的研究者已经下载了HapMap 数据集50 万余次。该网站目前每月处理超过3 万余次的静态页面请求，其中1 万4 千次是 批量下载请求，以及每月处理10 万余次HapMap 交互式浏览器登录。 本文介绍 apmap 网站及其用于查看、检索和分析数 的工具。我们将展示 如何进行一些有用和常见的任务，以及概述正在完善和开发中的新工具。 Hapmap 网概述 Hapmap 网 （ ）主要由三个部分组成，均可从网页顶部的横 标题进入。“主页”概述人类基因组单体型图计划，并列出相关新闻。“关于本计 划”则更详细地描述了该计划，提供了遗传关联性作图的背景信息，由本计划引 出的伦理问题，计划执行协议，以及计划管理。“数 ”提供 apMap 数 和分 析包的批量下载，以及交互式访问Hapmap 数据库的通道。本文着重于介绍数 部分。 一、 使用基因浏览器查看基因型数据 对人类疾病遗传影响的研究往往集中于少数候选基因。这种情况下研究者可 能希望知道在候选基因附近是否有常见的单核苷酸多态性 （SNPs ）存在，单核 苷酸多态性等位基因是什么，以及这些等位基因在人群中的相对频率。研究者可 能也对编码SNP 特别感兴趣，这些编码SNP 的等位基因改变基因产物的氨基酸 序列，由此可能表现出功能上的改变。 apmap 网站的基因组浏览器提供交互式浏览，可查看小至中等大小的基因 组区域。本基本方法将演示如何开始使用基因组浏览器： 1. 使用任何网络浏览器，打开 。 2. 点击 apmap 网站主页“Proj ect Data”下的“Browse Proj ect Data”链接。也可通 过http :///cgi-perl/gbrowse/gbrowse/直接打开。 3. 这将会打开基于GBrowse 程序包的的基因组浏览器(Stein et al. 2002) (Figure 1) 。根 你电脑的语言设置，该页面可能呈现几种语言的其中之一。本指南 假定使用英语。 4. 将光标定位在 “标志或区域”检索框，输入检索词。允许输入以下类型词： a) 染色体名 （例如 “Chr 10 ”）。 b) 染色体位置，格式：染色体：起..止 （例如 “Chr9:25000..300000 ”）。 c) 使用其SNP 数 库的 “rs ”号 （例如 “rs4285800 ”） d) 该基因的NCBI 参考序列数据库收录号 （例如 “NM_214279 ”） e) 基因通用名 （例如 “BRCA2 ”） f) 染色体带 （例如 “10q23.1”） 5. 录入标志后，按 “S