hMTERF3基因启动子区的生物信息学分析.pdf

大理大学学报 第2卷 第2期 2017年2月 JOURNALOFDALIUNIVERSITY Vol.2 No.2 Feb. 2017 ［DOI］10.3969/j.issn.2096-2266.2017.02.008 hMTERF3基因启动子区的生物信息学分析 1，2 1，2 1，2 3 1 1 1，2* 孙美涛 ，王 昀 ，李 月 ，张晓娟 ，杨勇琴 ，杨泽芳 ，熊 伟 （1.大理大学基础医学院，云南大理 671000；2.云南省昆虫医药研发重点实验室，云南大理 671000； 3.大理大学大理教学医院呼吸内科，云南大理 671000） ［摘要］目的：探讨人线粒体转录终止因子3基因启动子区的序列特征、转录因子及其结合位点。方法：利用Promoter2.0、 NNPP、Proscan、FirstEF软件分别预测hMTERF3基因5端上游的启动子数目及分布；利用CpGIslandSearcher和CpGPlot软 件预测CpG岛位置；利用P-match 1.0程序搜索TRANSFAC数据库预测与hMTERF3基因启动子结合的转录因子及其结合位 点。结果：hMTERF3基因定位于8q21.2，基因全长22216bp，含有11个外显子和10个内含子。hMTERF3基因上游至5侧翼 共3000bp的核苷酸序列至少存在2个启动子区，其中1733~2302bp之间可能为包含TATA盒的核心启动子区。启动子区序 列中存在1个长为1145bp 的CpG岛。hMTERF3基因启动子区存在1055个转录因子结合位点，进化足迹法分析其保守的核 心启动子区转录因子结合位点共19个。结论：hMTERF3基因启动子区的生物信息学分析能够提高基因启动子的研究效率，为 后续实验构建hMTERF3基因启动子表达载体及鉴定启动子功能提供理论依据。 ［关键词］hMTERF3；生物信息学；启动子区；转录因子；CpG岛 ［中图分类号］Q71：Q811.4 ［文献标志码］A ［文章编号］2096-2266（2017）02-0040-06 人类线粒体转录终止因子3（humanmitochon⁃ 本研究利用不同的生物信息学软件对hM⁃ drialtranscriptionterminationfactor 3，hMTERF3）基 TERF3基因序列和启动子区分别进行分析，获取该 因又称为人类线粒体转录终止因子结构域1（human 基因的启动子位置与分布、CpG岛位置及启动子区 mitochondrialtranscriptionterminationdomaincontain⁃ 转录因子结合元件，旨在为后续实验研究中构建 〔1〕 ing 1，hMTERFD1）基因 。2007年，PARKCB等在 hMTERF3基因启动子表达载体和鉴定基因启动子 Cell杂志上首次报道哺乳动物MTERF3基因编码的 功能提供基本的理论参考。 蛋白质是线粒体基因转录的负调控因子，与线粒体 1 材料和方法 DNA（mitochondrialDNA，mtDNA）重链及轻链启动 〔2〕 1.1 hMTERF3基因组DNA序列 hMTERF3基因 子区结合，抑制线粒体DNA双链的基因转录水平 。 WREDENBERGA等最近的研究结果揭示哺乳动物 定位于人类基因组8q22.1，该基因又被称为hCGI- MTERF3也能调节线粒体中核糖体大亚基的组装， 12或hMTERFD1，基因全长为22216bp，由10个内 〔3〕 〔6〕 并且影响线粒体中核糖体的生物合成 。hMTERF3 含子和11个外