蛋白质动力学揭示基因表达噪声来源.pdfVIP

蛋白质动力学揭示基因表达噪声来源 廖 浩（报告） 张晓燕（翻译） 主要内容  1.背景介绍  2.基因表达模型  3.模型验证  4.总结 Page 2 1.背景介绍  基因表达噪声 相同的基因在表达上出现细胞间的差异，即基因表达出现 一定的随机性  影响 通过研究发现基因表达噪音深刻影响着生物功能，因此在 基因回路中精确找到噪声来源具有重要意义 Page 3 1.背景介绍  噪声来源  外噪声 主要产生于细胞间的差异，如RNA聚合酶或者核糖体等细 胞原件的差异  内噪声 启动子重建、转录、翻译、mRNA和蛋白种类退化相关的 生化反应 Page 4 1.背景介绍  虽然已有几种方法可以有效分离外来噪音和内部噪音，但是能够区分 不同内部噪音的方法还非常不足。  目前通过实验验证内噪声主要来源有： 1.由概率合成产生的mRNA泊松波动和独立mRNA转录子的衰减 （mRNA增减波动） 2.不同转录状态间的启动子转换（启动子波动） 寻找并发展出一种方法，在假设蛋白质水平是系统唯一的可观察状态 的条件下，来确定mRNA增减波动与启动子波动对基因表达内部噪音 的影响 Page 5 1.背景介绍  在一定水平，mRNA增减波动与启动子波动两者能够产生 相似的稳态蛋白质噪音水平，故利用细胞的蛋白丰度的稳 态分布识别内部表达噪音来源是不够的。  单分子FISH 在原位杂交（单分子FISH ）中加入单分子荧光的方式去计 算单细胞内独立mRNA转录子的数量 但是它要求独立mRNA分子足够长，能够在上面结合至少 20个荧光标签 Page 6 2.基因表达模型 图1 含两种不同噪音来源的基因表达的随机混合模型的原理图 Page 7 2.基因表达模型  每一个转录事件都带来一次几率B这么多的mRNA分子的爆发，其 平均值用B表示，代表一个预期值  如果m(t)表示mRNA在时间t时的数量，Pj(t)表示在时间t时mRNA的 数量为j 的几率，则 k 代表转录活动的频率，γ 代表mRNA衰减速率 m m Page 8 2.基因表达模型  mRNA数量的波动传播到下游影响蛋白质水平，蛋白质水平被假 定为系统可观测的唯一状态，忽略由蛋白分子随机增减而产生的 泊松噪音。那么，蛋白质动力学公式可确定为： k 表示mRNA转录速率，γ 表示蛋白质降解速率，p(t)表示在时间t p p 时的蛋白数量。那么，公式(1)和(2)构成了随机混合基因表达模型， 其中当蛋白水平不断变化且可确定时，mRNA随时间的变化是离散和 随机的。 Page 9 2.基因表达模型  蛋白表达噪音可通过变异系数的平方值被量化， 2 2 2 2 定义为CV =σ /p ，其中σ 表示蛋白质水平的 变化，p表示蛋白丰度的平均值 其中 表示mRNA种类