蛋白质三级结构预测方法简述.pdfVIP

!#$%% ’()*$+, (- +$#.+, /)+*+$0#$% 1223411536 T!T 文章编号- + 7223TMYYJ 1223 23T22K[T21 蛋白质三级结构预测方法简述 7 张 漫 常延琦 +天津市兽药监察所 天津 K22Y21 7 引言 述’ 并介绍蛋白结构预测评估活动 结构’ 进行目标蛋白质的序列与模 随着各种生物全基因组测序工 !+8 ( 板序列的比对’ 根据模板蛋白质的 作的不断深入’ 越来越多的核酸序 1 同源模建9:;=?@ABC ;DCEAFG 6 三维结构构建目标蛋白质的结构’ 列清晰的呈现在世人面前 与此同 同源模建即比较模建 是目前在 对模建结构进行能量优化 分子动 ( ’ * 时 我们明确知道空间结构的蛋白 蛋白质结构预测中最为成功的方 力学优化及可信度评估 ) ( 质数目却增长缓慢 而且两者之间 法 应用同源模建的方法进行蛋白 首先需要通过序列比较方法在 ’ ( ( ’ 增长速度的差异正在进一步扩大 质结构预测 需要目标蛋白质至少 序列库和结构库中搜索与目标蛋白 因为蛋白质的生物学功能在很大程 有一个已知三维结构的同源蛋白 质相似性足够高的蛋白质作为模 度上取决于其空间结构 所以弄清 质 即两者之间要有较高的相似性 板 比如可使用 到结 ’ ’ ( ( 8#,N,+0 楚蛋白质的结构进而理解其结构与 同源模建的准确性取决于目标序列 构库8ON +8?;@CAF O@ NFP 中去 功能的关系具有重要意义( 但通过 和模板之间的相似性大小’ 同时也 搜索’ 也可以通过序列结构穿线法 实验方法获得蛋白质结构不仅成本 与两个蛋白质结构和功能的相似性 5QCRSCF:CTQ@?S:@S?C @U?CDAFGV ’该方 ’ ( 高而且速度慢 显然无法满足人们 相关 如果目标蛋白质与模板序列 法 比单纯使用基于序列的方法 的需要( 为了缩小结构与已知序列 的相似性大于32H ’则可以得到高 +QCRSCF:CTWQCD C@U;DQ 更有效’ 之间的差异 通过理论计算对蛋白 精度的同源模建结果 即主链的均 有时可以找到远源蛋白质 ’ ’ ( 质结构预测的方法应运而生( 方根+*. 只有2I7 F 左右’可以 能否得到好的序列比对结果是 ’ ’ ’ 目前 蛋白质结构预测的主要 与中等分辨率的核磁共振或低分辨 同源模建的关键 如果比对不准确 方法包括同源模建* 折叠识别和从 率 J, 射线衍射得到的结果相媲 接下来的环区模建和进一步的模型 头预测 依据相同或不同的原理 科 美 如果相似性界于