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第三章 序列比对 为什么要序列比对？ 基于同源物鉴定的功能预测 基本假设： 序列的保守性 功能的保守性 因为： 1. 蛋白质一般在三级结构的层面上执行功能； 2. 蛋白质序列的保守性决定于其编码DNA的保守性。 序列比对中的进化假设 1. 所有的生物都起源于同一个祖先； 2. 序列不是随机产生，而是在进化上，不断发生着演变； 3. 基本假设： 序列保守性 结构保守性 注意：反之并不为真。 结构保守性 序列保守性 3.1 概述 3.1.1 序列比对的概念 3.1.2 生物序列之间的关系 ⑴ 序列比对（Sequence alignment） 序列比对是序列相似性分析的常用方法，又称序列联配。 通过将两个或多个核酸序列或蛋白序列进行比对，显示其中相似的结构域，这是进一步相似性分析的基础。通过比较未知序列与已知序列的一致性或相似性，可以预测未知序列功能。 两条序列比对（pairwise alignment） 通过比较两条序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者之间可能的进化关系。 多重序列比对（multiple alignment） 不同物种中，许多基因的功能保守，序列相似性较高，通过多