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聚类分析 聚类分析方法是按样品(或变量)的数据特征,把相似的样品(或变量)倾向于分在同一类中,把不相似的样品(或变量)倾向于分在不同类中。 聚类分析根据分类对象不同分为Q型和R型聚类分析。 距离和相似系数 相似性度量:距离和相似系数。 距离常用来度量样品之间的相似性,相似系数常用来度量变量之间的相似性。 样品之间的距离和相似系数有着各种不同的定义,而这些定义与变量的类型有着非常密切的关系。 变量的测量尺度 通常变量按测量尺度的不同可以分为间隔、有序和名义尺度变量三类。 间隔尺度变量:变量用连续的量来表示,如长度、重量、速度、温度等。 有序尺度变量:变量度量时不用明确的数量表示,而是用等级来表示,如某产品分为一等品、二等品、三等品等有次序关系。 名义尺度变量:变量用一些类表示,这些类之间既无等级关系也无数量关系,如性别、职业、产品的型号等。 距离有多种定义方法,在聚类分析中最常用的是欧氏距离,即有 当各变量的单位不同或测量值范围相差很大时,应先对各变量的数据作标准化处理。最常用的标准化处理是,令 其中 和 分别为第 个变量的样本均值和样本方差。 相似系数 聚类分析方法不仅用来对样品进行分类,而且可用来对变量进行分类,在对变量进行分类时,常常采用相似系数来度量变量之间的相似性。 变量之间的这种相似性度量,在一些应用中要看相似系数的大小,而在另一些应用中要看相似系数绝对值的大小。 相似系数(或其绝对值)越大,认为变量之间的相似性程度就越高;反之,则越低。 聚类时,比较相似的变量倾向于归为一类,不太相似的变量归属不同的类。 相似系数一般需满足的条件 (1) ,当且仅当 和 是常数; (2) ,对一切 ; (3) ,对一切 。 最常用的两个相似系数 系统聚类法 系统聚类法是聚类分析诸方法中用得最多的一种。 基本思想是:开始将个样品各自作为一类,并规定样品之间的距离和类与类之间的距离,然后将距离最近的两类合并成一个新类,计算新类与其他类的距离;重复进行两个最近类的合并,每次减少一类,直至所有的样品合并为一类。 常用的系统聚类方法 一、最短距离法 二、最长距离法 三、中间距离法 四、类平均法 五、重心法 六、离差平方和法(Ward方法) 最短距离法 定义类与类之间的距离为两类最近样品间的距离,即 最短距离法的聚类步骤 (1) 规定样品之间的距离,计算 个样品的距离矩阵 ,它是一个对称矩阵。 (2) 选择 中的最小元素,设为 ,则将 和 合并成一个新类,记为 ,即 (3) 计算新类 与任一类 之间距离的递推公式为 最短距离法的聚类步骤 在 中, 和 所在的行和列合并成一个新行新列,对应 ,该行列上的新距离值由上式求得,其余行列上的距离值不变,这样就得到新的距离矩阵,记作 。 (4) 对 重复上述对 的两步得 ,如此下去直至所有元素合并成一类为止。 如果某一步 中最小的元素不止一个,则称此现象为结(tie),对应这些最小元素的类可以任选一对合并或同时合并。 一般来说,只要聚类的样品数目不是太少,各种聚类方法所产生的聚类结果一般是不同的,甚至会有大的差异。 单调性 令 是系统聚类法中第 次并类时的距离,如果一种系统聚类法能满足 ,则称它具有单调性。这种单调性符合系统聚类法的思想,先合并较相似的类,后合并较疏远的类。 最短距离法、最长距离法、可变法、类平均法、可变类平均法和离差平方和法都具有单调性,但中间距离法和重心法不具有单调性。 类的个数 如果能够分成若干个很分开的类,则类的个数就比较容易确定;反之,如果无论怎样分都很难分成明显分开的若干类,则类个数的确定就比较困难了。 确定类个数的常用方法有: 1.给定一个阈值T。 2.观测样品的散点图。 3.使用统计量。包括: 统计量,半偏 统计量, 伪 统计量和伪 统计量。 动态聚类法 动态聚类法的基本思想是,选择一批凝聚点或给出一个初始的分类,让样品按某种原则向凝聚点凝聚,对凝聚点进行不断的修改或迭代,直至分类比较合理或迭代稳定为止。类的个数k可以事先指定,也可以在聚类过程中确定。选择初始凝聚点(或给出初始分类)的一种简单方法是采用随机抽选(或随机分割)样品的方法。

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