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PAGE PAGE 16 主題：蛋白質體學中的蛋白質鑑定 前言 蛋白質體學中，當我們利用二維式電泳得到各種蛋白質的Spot後，可能會問這些有特殊表現的蛋白是什麼？因此必須發展一套可以確認蛋白質身分的工具。簡單的說，也就是必須知道一個蛋白質的ID（Protein Identifacation），然而知道一個蛋白質的ID，只是知道這大概是什麼樣的蛋白質，還需要更進一步的知道這個蛋白質有怎樣的修飾以及這個蛋白質和其他蛋白質有什麼交互作用，如此才能算完整的蛋白質鑑定。目前而言，用來鑑定蛋白質的方法有許多，如Western blot或是一些function asssay，而以質譜儀（Mass spectrometry），簡稱MS，是目前快速且又靈敏的鑑定方法。 流程與步驟 以質譜鑑定蛋白質分為四個步驟：（1）蛋白質的純化（2）以蛋白質水解酶將蛋白質切割為多牲肽（3）以質譜得到代表蛋白質荷質比的分析圖（4）和資料庫比對尋找蛋白質的身分。 【圖一】 以mass spectrometry作蛋白質身分鑑定的技術稱為peptide mass fingerprinting簡稱（PMF），這個過程即為圖一中所表示： 首先自實驗中獲得樣品，即所欲之的蛋白質，在以蛋白水解酶將完整的蛋白質水解為polypeptide，而將這些polypeptide以mass spectrometry測得每一pol