统生物学方法武汉第五讲第三篇4.ppt

* 第四节、信号转导：动力学与调节特征 Tyson等（2003）给出了一个关于信号途径分子的动力学与调节特性的很好的纵览。结合这个工作，我们在这里展示信号通路的简单基序的行为。我们还将提供信号通路组分的动力学特征的变量。 1. 简单基序 这里考虑到了许多信号通路基序，这些基序象征蛋白质合成与降解，或者磷酸化与去磷酸化的成对作用。反应曲线的形状决定于网络结构和各个数学表达式的实现。网络力学： S—信号强度，R—反应幅度（例如蛋白质浓度） * 简单信号基序，它们的动力学应用，以及行为特征 线性动力学： 稳态： 速率与底物关系：线性 米氏方程动力学： 稳态： 速率与底物关系：双曲线 * 线性动力学： 稳态： 速率与底物关系：双曲线 米氏方程动力学： 稳态： 速率与底物关系：S形曲线 * 线性动力学： 稳态： 速率与底物关系：S形曲线 * 表中所有步骤的线性机制的线性动力学导致一种稳态值的线性反应（ 稳态）。图展示了稳态浓度对信号强度的依赖。假定的米氏动力学意味着双曲线反应。另一方面，双曲线反应也可能是由网络结构导致的。关于表提供的单环机制，考虑到不同形式的 之间保守关系，在线性动力学的假定条件下，导致一个双曲线反应。用米氏动力学描述单环机制促成一个基于稳态的二次方程的类似开关的S形反应曲线（只有下面的方程复合 )。表中的函数G： * 所有3种反应（线性、双曲线、S形）都是渐进的，也就是说，反应随信号强度持续上升并且是可逆的，即稳态值决定于信号的时间取值而不是信号的过去值（无论信号时曾经增强还是减弱）。另外，如果不再有信号S则反应关闭（下调）。这些基序的反应直接传输信号的指令。这里没有内部刺激或者下调。 * 2. 适应性基序 将简单线性反应元件与二级信号通路组合就产生一个很好的适应性信号-反应曲线。这将导致下面的效应：尽管信号通路对信号强度的变化表现出短暂的反应，它的稳定反应并不依赖信号S。由于它们与嗅觉的相似性，Tyson及其同事（2003）将它们称作sniffer。 在信号通路的各种调节特征中，负反馈引起了特别的关注。这种反馈的实现和单独的动力学行为显示了广泛的变异度。在信号通路中，负反馈可以导致反应的调整或者阻尼振荡。 * 在信号通路的各种调节特征中，负反馈引起了特别的关注。这种反馈的实现和单独的动力学行为显示了广泛的变异度。在信号通路中，负反馈可以导致反应的调整或者阻尼振荡。 3. 负反馈 * 4.对信号通路性质的定量 为了以定量的方式描述信号通路的动力学行为，Heinrich及其同事（2002）引入了3种方法。以 作为激酶i 随时间变化的浓度，信号时间 描述了激活激酶i所用的平均时间。信号持续时间Si代表激酶i处于激活状态的持续时间（信号幅度Ai表示激活的激酶i的平均浓度）。引入下面的定义。量Ii: 表示在信号持续时间里产生的激活的激酶i的总量。 * 其他方法还有： 信号时间可以定义为 也就是平均时间，与统计学分布的均值类似。 信号持续时间： 给出了一个信号反应围绕平均时间分布的量度（与标准分布一致）。 信号幅度定义为： 在几何学表征方式中，这是一个高度为 的矩形，这个矩形的面积等于曲线 之下的面积。 * * * 系统生物学方法 第三篇（4） 孟大志 　　北京工业大学 dzhmeng07@ Tel: (010) * 第6章 信号转导 引言 在所有的细胞间通讯和细胞受压反应过程中，细胞都从外界接受信号。这些外部信号被转换成细胞内信号和连续的反应。典型的信号包括激素、信息素、热、冷、光、渗透压以及一些物质，如葡萄糖、 或cAMP的出现或者浓度变化。 在分子水平上，信号转导包括的过程与代谢过程的类型相同，例如：物质的产生与降解、分子修饰（以磷酸化为主，也包括甲基化乙酰化）以及各种反应的激活或失活。从建模的角度讲，信号转导与代谢还是存在一些重要的差异: * 1) 信号通路承担信息的处理与传递，而代谢主要提供质量的传递。 2) 代谢网络是由一系列催化反应的酶决定的。而信号转导途径包括了各种类型的化合物，它们可能组成高度组织的复合物，并且可能在信号出现的情况下动态地组装起来。 3) 在代谢过程中被转换的物质的量很高（通常用浓度来表示含量），相比之下参与信号转导的分子数目通常只达到每个细胞中10