保留型与反转型β-木糖苷酶活性位点的分子动力学模拟.pdfVIP

物理化学学~(WuliHuaxueXuebao) June Actaehys．一Chim．Sin．2015，31(6)，1169-1178 1l69 [Article】 doi：10．3866／PKU．WHXB201504151 www．whxb．pku．edu．cn 保留型与反转型J6l-木糖苷酶活性位点的分子动力学模拟 张俊威 ’ 周峻岗 吕 红 黄 强 ， f复旦大学生命科学学院，遗传工程国家重点实验室，上海工业菌株工程技术研究中心，上海200433； 上海生物制造技术协同创新中心，上海200237) 摘要： 木聚糖是潜在的重要可再生能源，如何提高其降解效率己成为近年来的研究热点．口．木糖苷酶是木聚 糖降解过程中的关键酶之一，按其水解机制可分为保留型与反转型酶．目前虽然对于这两种催化机制的研究不 断深入，但很少有工作从溶液环境的角度出发探究它们的差异．本文采用分子动力学模拟方法，对4个典型的 ． 木糖苷酶进行了显式溶剂模拟研究，详细分析了酶的催化氨基酸间的距离和质子供体氨基酸pK日值的动态变 化．结果显示，反转型酶催化氨基酸间的距离约为0．8—1．0nm，大于保留型的0．5—0．6nm，与先前对糖苷酶晶 体结构的统计分析结果一致．令人意外的是，保留型酶的质子供体通过与其附近组氨酸的相互作用，其pKa在 两个不同的高、低值之间交替变换，使保留型酶的双取代反应得以发生：而反转型酶的质子供体则由附近的天 冬氨酸调节，其pg．稳定在某个较高值，这可能有利于其在反应pH值下获得水溶液中的氢离子，进行反转型酶 特有的单取代反应．因此，本工作加深了人们对 -木糖苷酶保留型与反转型水解机制的认识，并为后续酶的理 性改造与高效利用提供具有指导价值的结构与机理信息． 关键词： -木糖苷酶：催化机制：分子建模：质子供体：p 值 中图分类号：0643；Q71 MolecularDynamicsSimulationofActive-SitesofRetaining andInvertingfl-Xylosidases ZHANGJun—Wei’ ZHOUJun-Gang’， L0Hong’， HUANGQiang’，， (StateKeyLaboratoryofGeneticEngineering,SchoolofLfieSciences,ShanghaiEngineeringResearchCenterofIndustrial M icroorganisms，FudanUniversity,Shanghai200433， R．China； ShanghaiCollaborativeInnovation CenterforBiomanufaeturingTechnology,Shanghai200237,PR．China、 Abstract： Xylansareimpo~antaspotentialrenewableenergysources．Inrecentyears．therehastherefore beenlnterestinimprovingtheirdegradationeft]ciencies．／3．Xylosidasesarekeyenzymesforxylandegradation； theseenzymesareclassified，basedontheirhydrolysismechanisms，asretainingorinverting enzymes． AIthoughmuchresearchhasbeendevotedtounderetandingretainingandinvertingmechanisms．1ittleiSknown abouttheirdifferencesins