激酶ABL与肉豆蔻酰位点小分子作用机理的分子动力学模拟及自由能计算.pdfVIP

物理化学学~(WutiHuaxueXuebao February Acta ．一Chim． ，z．2013，29(2)，423-430 423 [Article] doi：10．3866／PKU．WHXB201211212 wwww．hxb．pku．edu．ca 激酶ABL与肉豆蔻酰位点小分子作用机理的 分子动力学模拟及自由能计算 杨丽君 刘 茜’ 袁文彬’ 杨胜勇 (西华师范大学化学化工学院，化学合成与污染控制四川省重点实验室，四川 南充637009； 四JJJ大学华西医院，生物治疗国家重点实验室，成都 610041) 摘要： 采用分子动力学方法研究激酶ABL与ATP位点小分子imatinib、P16及变构位点小分子STJ、MS7、 MS9、3YY、MYR等的结合，并用GBSA(generalizedBornsurfacearea)方法将结合 自由能分解到各残基．自 由能计算结果表明，小分子STJ、MS7、MS9有利于 imatinib与ABL结合：小分子STJ、MS7、MS9与激酶ABL 的结合 自由能接近，绝对值均大于ABL与3YY、MYR的结合 自由能．能量分解表 明。ABL残基 ILE502、 VAL506、LEU510与STJ和MYR的相互作用是al螺旋处于弯曲状态的重要原因．模拟过程中ABL肉豆蔻酰 口 袋残基均方根偏差(RMSD)变化值表明，STJ等小分子抑制剂与ABL结合后降低了肉豆蔻酰口袋残基的柔性． 关键词： 分子动力学；激酶：豆蔻酰位点： 自由能：抑制剂 中图分类号： O641 MolecularDynamicsSimulationsofInteractionalMechanism and BindingEnergyCalculationsbetweenKinaseABLandSmall MoleculesBindingatMyristoylPocket YANGLi-Jun’ LIUQian’ YUANWen—Bin’ YANGSheng-Yong (ChemtrySynthesisandPollutionControlKeyLaboratoryofSichuanProvince,CollegeofChemistryandChemicalEngineering, ChinaWestNormalUniversity,Nanchong637009,SichuanProvince,PR．China； StateKeyLaboratoryofBiotherapy, WestChinaHospital,SichuanUniversity,Chengdu610041，PR．China) Abstract： W eperformedmoleculardynamicssimulationsoncomplexesofABLtoinvestigatethebinding oflmatinib，P16(bindingattheATPpocket)，andSTJ，MS7，MS9，3 andMYR(bindingatthemyristoyI pocket)．ThecalculatedbindingenergieswerethendecomposedtodeterminetheIigand．residuepair interactions，usingthegeneralizedBornSUrfacearea(GBSA)method．Theresultsshowedthatthebinding energiesarealmostthe sameforSTJ，MS7，andMS