固有无序超嗜热菌FIgM蛋白在两种不同温度下的构象变化特征.pdfVIP

物理化学学~ (WuliHuaxueXuebao) 384 ActaP ．一Chim．Sin．2015，31(2)，384-392 February A【rticle] doi：l0．3866P／KU．WHXB201412161 www．whxb．pku．edu．cn 固有无序超嗜热菌FIgM蛋白在两种不同温度下的构象变化特征 朱玉风 曹赞霞 赵立岭 王吉华 ， (山东师范大学物理与电子科学学院，济南250014；。山东省功能大分子生物物理重点实验室，山东德 I253023； 德州学院生物物理研究所，山东德州I253023) 摘要： 基于分子动力学模拟方法 比较了超嗜热菌FIgM蛋白在常温(293K)和生理温度(358K)下的结构特征． 基于GROMACS软件包。采用OPLS-AA分子力场和TIP3P水模型，对超嗜热菌FIgM蛋白在293和358K进 行了2组独立的长时间分子动力学模拟，每组体系模拟时间为 1500ns．主要分析了两种温度下超嗜热菌FIgM 蛋 白的二级结构特征、整体构象变化及半无序化区域和结构化区域的构象特征．研究结果表明：在常温下，N端 具有一定程度的螺旋成分，但在生理温度下，超嗜热菌FIgM蛋 白的结构变得松散，螺旋结构减少，构象稳定性 减弱，H1螺旋散开，FIgM蛋 白构象灵活性增强，不稳定程度增加．这些不同温度的结构变化说明：半无序化区 域(N端)在非结合状态下有一定的螺旋结构。但该段螺旋的稳定性随温度升高而降低．超嗜热菌FIgM蛋 白会通 过增加结构的无序程度使结构更加灵活，以适应高温，从而使该类固有无序蛋 白更好地行使其功能，如提高同 其他成分的结合速率等． 关键词：FIgM蛋白： 固有无序蛋白： 分子动力学模拟：温度适应性： 结构特征 中图分类号：0643；O641 ConformationalChangeCharacteristicsintheIntrinsicallyDisordered FIgM Proteinfrom aHyperthermophileatTwoDifferentTemperatures ZHUYu-Feng’’。 CAOZan—Xia1。 ZHAO Li-Ling1。 WANG Ji-Hua-。- DepartmentofPhysicsandElectronicScience．ShandongNormalUniversity,Jinan250014．PR China； ShandongProvince KeyLaboratoryofBiophysicsyorFunctionalMacromolecules，Dezhou253023，ShandongProvince，PR．China； InstituteofBiophysics，DezhouUniversiyt,Dezhou253023，ShandongProvince,PR．China) Abstract： Theaim ofthisworkwastocomparethestructuraIcharacteristicsoftheFlflM proteinfrom the thermophileaquifexaeoficusatroomtemperature(293K)andatthephysiologicaltemperature(358K)using moleculardynamicssimulations．TwoindependentIong．timemoleculardynamicssimulationswereperformed usingtheGROMACSsoftwarepa