蛋白质相互作用预测、设计与调控.pdfVIP

物理化学学~(WuliHuaxueXuebao) October ActaP ．一Chim．Sin．2012，28(10)，2363—2380 2363 [Review】 doi：10．3866P／KU．WHXB201209172 www．whxb．pku．edu．ca 蛋白质相互作用预测、设计与调控 张长胜 ’。 来鲁华 (北京大学化学与分子工程学院，物理化学研究所，分子动态与稳态结构国家重点实验室，北京分子科学国家实验室， 北京 100871； 北京大学定量生物学中心，北京 100871； 北京大学．清华大学生命科学联合中心，北京 100871) 摘要： 蛋白质相互作用是生命活动在分子水平上的基本事件．蛋白质相互作用的三维图像可以给出关键生命 活动过程的分子细节．了解蛋白质相互作用的原理有助于揭示生命活动的机制，并在此基础上开展有重要价值 的蛋白质设计．本文对于蛋白质相互作用预测、设计和调控研究的近期进展进行了总结归纳。介绍了作者实验 室在相关领域的研究进展，并对今后的研究方向进行了展望．主要包括：(1)蛋 白质相互作用网络、蛋 白质相互 作用机制和蛋白质复合物结构计算分析：(2)基于序列、结合位点以及复合物结构的蛋白质相互作用预测：(3) 蛋 白质相互作用设计方法：(4)利用化学分子调控蛋白质相互作用的方法；(5)针对蛋白质相互作用的蛋白质药 物设计方法． 关键词： 蛋白质相互作用； 相互作用预测： 蛋白质一蛋白质对接；蛋白质相互作用设计：蛋白质药物 药物设计 中图分类号：O641 Protein-ProteinInteraction：Prediction，Design，andModulation ZHANG Chang—Sheng’·，。 LAILu—Hua，。l’ (BeijingNationalLaboratoryforMolecularScience,StateKeyLaboratoryofStructuralChemistryforStableandUnstable Species,InstituteofPhysicalChemistry,CollegeofChemistryandMolecularEngineering,PekingUniversity, Beijing100871，PR．China； CenterforQuantitativeBiology,PekingUniversiyt,Beijing100871，PR．China； 3peking-TsinghuaCenterfor lieSciences，Bejiing100871，PR．China) Abstract： Protein—protein interactions are the essentialevents in life atthe molecular leve1．The three-dimensionaIstructuresofprotein—proteininteractionsprovideclearpicturesforthemoleculardetails ofvariouscellularprocesses．Understanding thebasicsofprotein—proteininteractionprovidescluesofr revealingthesecretoflife．andusefuljnformationofrdesigningproteinsforvariousapplicationpurposes． Thepresentreview summarizesrecentprogressesofprotein—proteininteractionprediction，