一种在无机晶体结构中检索特定子结构的计算机方法.pdfVIP

物理化学学报 (WuliHuaxueXuebao1 536 ActaP ．一Chim．Sin．2012，28(3)，536—540 March [Article] doi：10．3866／PKU．WHXB201201041 Ⅵ，、v、v．whxb．pku．edu．cn 一 种在无机晶体结构中检索特定子结构的计算机方法 霍卫峰’ 李 乙 卢君然’ 于吉红 ’ 徐如人 ’ 李 晶 (吉林大学无机合成与制备化学国家重点实验室，长春 130012； 北京科技大学应用力学系，北京 100083) 摘要： 提出了一种针对无机晶体化合物的子结构检索方法．该方法以VF2子图同构算法为基础，针对无机晶 体化合物的结构特点，采用了两种策略以提高子结构检索的效率：(1)引入晶体的对称性信息避免了在等价原 子间进行的大量重复性计算：(2)采用结构编码预筛选可以有效地减少 目标结构的数量．我们以在无机微孔分 子筛数据库中进行子结构检索为例测试该方法的有效性．测试结果表明，该方法可以快速且准确地在分子筛数 据库中检索包含特定子结构的记录．两种检索策略的引入大大降低了子结构检索的复杂度，检索速度可提高 3—5个数量级．该方法通过Perl语言实现，具有较好的可移植性． 关键词： 无机晶体材料：数据库；子结构检索：VF2算法：分子筛； 构筑基元 中图分类号： 0641 A ComputationalMethodforSpecifiedSubstructureSearchin InorganicCrystalStructures HUO Wei—Feng’ LIYi’ LUJun-Ran’ YU Ji—Hong’ XU Ru—Ren’ LIJing rStateKeyLaboratoryofInorganicSynthesisandPreparativeChemistry,JilinUniversity,Changchun130012， R．China； ZDepartmentofAppliedMechanics,UniversiytofScienceandTechnologyBejiing,Beijing100083， R．China) Abstract： In this paper．a computationalmethod forthe substructure search in inorganic cryrstal structuresisproposed．ThismethodisbasedontheVF2subgraphisomorphism algorithm．Furthermore， two additionalapproacheshavebeen introducedintothismethod toimprovethecalculationefficiencyof VF2：(1)introductionofcrystalsymmetryinformationwithaviewtoavoidingredundantcalculationsamong equivalentnodes(atoms)；(2)aprescreeningencodingtreatmenttoenhancethecalculationefficiencyby greatlyreducingthenumberoftargetstructures．W etestedtheefficiencyofthismethodbysearchingthe zeolitecrystalstructuredatabasefr0m thelnternationalZeoliteAssociationforentriescontaining specified buildingunits．Thetestresultsshowedthatthismethodcould quicklyand corre