微阵列比较基因组杂交技术教案.pdf

微阵列一比较基因i组豢蠢嘲翻麓鞠黼蠢鬃鬻 肿瘤研究中的应博爹誊攀鬻薰蒸鬻戮鬻蒸鬻辫 -一 j。j?『．。管f． 。i警毒鬻t鬻凌鬻毫豢i毫≥。≤芬≯鏊一B|*’搿《错謦{掣。j$|。嚣鲁i；§专≈一o#·‘i。j。“ 孙新房1，2综述， 王新保1，余传定1审校 (1．浙江省肿瘤医院，浙江杭州310022；2．浙江中医药大学，浙江杭州310053) of Genomic inCancerResearch ApplicationArray——ComparativeHybridization SUN Xin-6∞．YU Xin-fang,WANGChuan—ding 摘 要：微阵列比较基因组杂交(a咖y—CGH)技术是将DNA克隆或cDNAs做成微阵列，代 替传统CGH法中中期染色体作为杂交靶，不仅使分辨率提高．甚至可以确定肿瘤相关基因 并提供精确的定位。全文综述Array—CGH的原理、方法及其在肿瘤学中的应用和意义。 关键词：微阵列一比较基因组：杂交：肿瘤 文献标识码：A 中图分类号：R329．2；R73—3 文章编号：1004—0242(2007)07—0525—04 微阵列比较基因组杂交farray—comparativege． nomie hybridization，Array—CGH)技术是将DNA克隆 或cDNAs做成微阵列，代替传统CGH检测中将中 期染色体作为杂交靶进行检测，不仅使分辨率提高， 而且还可以确定肿瘤相关基因并提供精确的定位。 样至覆盖特定介质的玻片上，按照在染色体中的分 同时可经计算机软件识别每条染色体，克服了需要 布，确定靶点的排列顺序。为了得到精确的结果，每 经验丰富的人员识别染色体的限制．为快速全面地 个靶点可重复点样2～10次。点样后，立即将玻片在 分析肿瘤组织DNA拷贝数的变化，以及染色体不稳 80℃烘烤10min，制成微阵列玻片，存储在带有干燥 定性的检测提供了较为理想的方法。本文就该技术原 剂的盒子里，室温保存[1’z，蜘。 理、方法及其在肿瘤研究中的应用作一简单的综述。 1．2．2待测DNA和参照DNA制备及标记 待测DNA可以来自肿瘤细胞系、冷冻或石蜡 1 微阵列一比较基因组杂交概述 包埋的肿瘤组织。应尽可能选择具有典型组织学特 征的肿瘤细胞，弃除坏死组织和炎症区及周边正常 1．1 Array—CGH基本原理 细胞，以免干扰。使用标准的酚一氯仿一异戊醇提取 法分离肿瘤细胞和组织中的DNA。对于甲醛固定、 Array—CGH与CGH相似，但它是用DNA克隆 或cDNAs微阵列代替中期染色体铺片作为杂交靶．石蜡包埋组织，可以用激光捕获显微切割法(LCM) 即将等量的不同荧光标记的待测和参照DNA经人获得肿瘤组织，提取DNA．再用变性引物介导的 Cot一1DNA封闭非特异性重复序列后，同时杂交到由 康人血液中的白细胞或同一患者同一器官中正常组 DNA克隆或cDNAs组成的微阵列上。用微阵列每 个靶点上的两种信号的荧光比例反映待测基因组 织。对探针可以进行直接或间接荧光标记。标记方法 DNA在相应的序列或基因上的拷贝数变化【㈨。 有以下几种：①缺口平移法；②随机引物法；③DOP— 1．2方法 PCR法；④顺铂一荧光素连接法[1，91等。标记完成后用 1．2．1微阵列制备 SephadexG5旋转柱去除未结合的核苷酸【1]。 微阵列可以为DNA克隆微阵列和cDNAs微阵1．2．3 杂 交 收稿日期：2006—06—20：修回日期：2007—06—08 将不同荧光标记的待测和参照DN