第二章蛋白质的结构.ppt

提纲 一、肽定义、分类和命名 二、蛋白质的结构 蛋白质的一级结构 蛋白质的二级结构 蛋白质的三级结构 蛋白质的四级结构 三、蛋白质的折叠历程 蛋白质折叠的基本规律 蛋白质折叠的历程 组成的多样性 大小的多样性 结构的多样性 功能的多样性 酰胺平面的存在，使得肽链中的任何一个氨基酸残基只有2个角度可以旋转。由C?-N单键旋转的角度被称为? (phi)，C?-C单键旋转的角度被称为? (psi)。当一条肽链上所有氨基酸残基的?和?确定以后，该肽链主链骨架的基本走向也就确定了。 (?, ?)为正值对应于从C?观察时单键向顺时针旋转。如果值为零意味着 C=O 或 N-H 键平分R-C? -H角。 (?, ?)=(0,180)，2个羰基O太近; (?, ?) =(180,0)，2个酰胺基重叠; (?, ?) =(0,0)，羰基O与酰胺基重叠。 α螺旋（alpha-helix）及其他螺旋 β折叠（beta-sheet） β转角（beta-turn） β突起（beta-bulge） 环（loop）与无规则卷曲（random coil） 前四种二级结构具有规律，反映在拉氏图上具有相对固定的二面角 肽链骨架围绕一个轴以螺旋的方式伸展； 螺旋形成是自发的，肽链骨架上由n位氨基酸残基上的-C=O与n＋4位残基上的-NH之间形成的氢键起着稳定的作用。被氢键封闭的环含有13个原子，因此α螺旋也称为3.613-螺旋； 每隔3.6个残基，螺旋上升一圈。每一个氨基酸残基环绕螺旋轴100 o，螺距为0.54nm，即每个氨基酸残基沿轴上升0.15nm。螺旋的半径为0.23nm。Φ角和Ψ角分别－57?o和－47?o； α螺旋有左手和右手之分，但蛋白质中的α螺旋主要是右手螺旋； 氨基酸残基的R基团位于螺旋的外侧，并不参与螺旋的形成。但其大小、形状和带电状态却能影响螺旋的形成和稳定。 肽段几乎完全伸展，肽平面之间成锯齿状； 肽段呈现平行排列，相邻肽段之间的肽键形成氢键，其中的每一股肽段被称为β股； 侧链基团垂直于相邻两个肽平面的交线，并交替分布在折叠片层的两侧； 肽段平行的走向有平行和反平行两种，前者指两个肽段的N-端位于同侧，较为少见，后者正好相反。由于反平行折叠所形成的氢键N-H-O三个原子几乎位于同一直线上，因此，反平行β-折叠更稳定。 反平行β-折叠的每一个氨基酸残基上升0.347nm，正平行的每一个氨基酸残基上升0.325nm。β-折叠的二面角（ф,ψ）等于（－119o，+113o）。 肽链骨架以180?o回折而改变了肽链的方向； 由肽链上四个连续的氨基酸残基组成，其中n位氨基酸残基的-C=O与n＋3位氨基酸残基的-NH形成氢键； Gly和Pro经常出现在这种结构之中； 有利于反平行β折叠的形成，这是因为β转角改变了肽链的走向，促进相邻的肽段各自作为β股，形成β折叠。 是在一个蛋白质分子内的相对独立的球状结构和/或功能模块，是由若干个结构模体组成的相对独立的球形结构单位，它们通常是独自折叠形成的，与蛋白质的功能直接相关。某些结构域在同一个蛋白质分子上被重复使用，某些蛋白质由多个拷贝的一种和多种结构域组成。 根据占优势的二级结构元件的类型，结构域可分为五类：（1）α结构域—完全由α螺旋组成；（2）β结构域—只含有β折叠、β转角和不规则环结构；（3）α/β结构域—由β股和起连接的α螺旋片段组成；（4）α+β-结构域—由独立的α螺旋区和β折叠区组成；（5）交联结构域—缺乏特定的二级结构元件，但由几个二硫键或金属离子起稳定作用。 一级结构决定高级结构； 蛋白质的折叠伴随着自由能的降低（－20.92J/mol ~－83.68J/mol），但是蛋白质折叠并不是通过随机尝试找到自由能最低的构象的； 蛋白质的折叠是协同和有序的过程； 驱动蛋白质（特别是球状蛋白质）折叠的主要作用力是疏水键，其他次级键也有作用； 在细胞内，不同的蛋白质可能具有不同的折叠路径 体内绝大多数蛋白质折叠需要分子伴侣的帮助； 某些蛋白质折叠还需要蛋白质二硫化物异构酶（PDI）和肽酰脯氨酸异构酶（PPI）的帮助。 最终得到的蛋白质构象不是僵硬的，而是具有一定的柔性 海绵状脑病（spongiform encephalopathy，SE） 囊性纤维变性（cystic fibrosis，CF） 阿尔茨海默氏病（Alzheimers disease，AD） 帕金森氏病（Parkinsons disease，PD） SE是一种致命性神经退化性疾病，因受感染的动物在脑病某些部位出现海绵状的空洞而得名。 SE的致病因子是一种折叠异常的朊蛋白PrPsc 。正常动物含有PrPc。两者的一级结构完全一样，但构象不同。 如果正常PrPc折叠发生错误，可变成PrPsc。 PrPsc一旦形成后，自身可以作为模板，催化更多的