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- 2017-06-03 发布于湖北
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第四章 SciFinder 相似结构检索
(Similarity Search)
若用户的账号附有 SciFinder Substructure Module (SSM) 的功能,就能用以相似结构检索以下的物质。
( )
与已绘画的结构完全相同 跟第二章的完全相同结构检索相同
: ,
包含检索结构的多元物质,例如 聚合物 配合物等
结构相似的物质,但元素成份、取代基和其位置有所不同
结构相似的物质,但只有少部分与检索结构互相符合
与检索结构相似,但有不同大小的环结构
检索的结果包括以下的数据。
物质基本数据 (如名称、结构、CAS 注册号)
实验物性和计算物性
摘要、相关参考和书目数据
供货商目录数据
物质管制和注册数据
物质的反应数据 (只适用于有 SSM 账号的用户)
用户可以用再检索(Refine) 的功能令检索的结果更加精确。而只有在以结构再检索相似结构结果后,才
能使用分析 (Analyze) 的功能。
预览 (Preview) 和 自动提示 (Keep me posted – 只适用于 SciFinder 的用户) 的功能不能在此使用。
3-1
相似结构检索简介 (Introduction of Similarity Search)
在相似结构的检索中, SciFinder 会用 Tanimoto 程序来检索与查询物质相似的结构,并给予相似
评分。
相似结构评分
相似检索能找出与查询结构最为相似的结构,其2-D 小分子的相似度会以Tanimoto 程序来计算。
以下是Tanimoto 的计算公式, 评分是以 CAS 的结构描述子为基本:
100 x C
Tanimoto Score =
(QS + FS) – C
C = 代表检索结构和结果结构相同的描述子数目
QS = 代表在检索结构中的描述子数目
FS =代表在结果结构中的描述子数目
结构描述子的介绍
• 原子数
• 环数
• 原子排列
• 键排列
• 周边原子
• 相连原子数
• 元素成份
• 环类型
相似性的计算中并不考虑以下因素
氢原子的数目
离子
同位素标识
立体结构
多元物质的处理
每一个多元物质的成份,都会被给予相似评分 (Tanimoto score) 。 最高评分的成份
物质,将会在分析相似的结果中显 示。
3-2
用户检索单一物质时, 点击 Get Substance 后, 按下 Filter 中的
Structure components 即可。
3-3
注意事项
相似检索并不适用于 R 基团、可变的原子、重复单元和可变的取代位置工具。
分析和再检索不适用于相似结构检索。
在再检索结果时, 相似评分将不会显示。
相似评分不能以 sfr 形式保存 (只适用于 SciFinder) 。
不能使用预览功能。
相似评分的显示
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