巍山红雪梨PpPAL基因的克隆和生物信息学分析.PDF

第32 卷 第1 期 经 济 林 研 究 Vol. 32 No.1 2014 年3 月 Nonwood Forest Research Mar. 2013 巍山红雪梨 PpPAL 基因的克隆及生物信息学分析 1,2 1 1 1 3 1 1 董 娇 ，周 军 ，辛培尧 ，唐军荣 ，陶 磅 ，原晓龙 ，孟富宣 （1. 西南林业大学 西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室，云南 昆明650224 ；2. 中华全国供销合 作总社昆明食用菌研究所，云南 昆明 650223；3. 云南省农业科学研究院 园艺作物研究所，云南 昆明 650205 ） 摘 要：为了进一步研究红皮梨花色素苷的合成调控机制，以巍山红雪梨为试验材料，采用同源克隆方法，克隆 得到了苯丙氨酸解氨酶 （PAL ）基因的cDNA 片段，名之为PpPAL ，登录号为JQ749640，并利用相关生物软件 PpPAL 对该基因及其相应蛋白质进行了生物信息学分析。结果表明： 长1 919 bp ，编码628 个氨基酸；其与西洋 梨Pyrus communis 的PAL 基因 （DQ230992 ）、鸭梨Pyrus bretschneideri 的PAL 基因 （GU906268、JQ247318）、 甜樱桃Prunus avium 的PAL 基因 （AF036948）和覆盆子Rubus idaeus 的PAL 基因 （AF237955 ）在核苷酸水平上 PAL 、L230、 的同源性分别为98%、95%、95%、88% 和83% 。氨基酸序列比对中发现， 序列包含L 180、V 181 A231 等脱氨基氨基酸残基，其催化活性位点分别为N234、G235、N356、D357、N358、H370、HNQDV （460 ～464 ）。 PpPAL α 基因不存在导肽和信号肽，无跨膜结构域，定位于细胞质中，肽链表现为亲水性； - 螺旋和无规则卷曲是 β 其蛋白质二级结构中量最大的结构元件，- 转角和延伸链散布于整个蛋白质中。在对其编码的蛋白的预测中发现， 该蛋白含有苯丙氨酸解氨酶- 组氨酸解氨酶 （PAL-HAL ）和苯丙氨酸解氨酶 （phe_am_lyase ）。 关键词： PpPAL 巍山红雪梨；克隆； 基因；生物信息学分析 中图分类号：S603.2 ；Q785 文献标志码：A 文章编号：1003—8981(2014)01—0051—07 Cloning and bioinformatics analysis of PpPAL gene in Pyrus pyrifolia 1,2 1 1 1 3 1