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科技 science topics 专题       药物研发利器：基因表达谱 数据库 cmap  Connectivity map (简称cmap) 为一个基因表达 或是reverse connection 。详细的分数运算方式可参 谱数据库，是由Todd Golub 与Eric Lander 领导的 考文献，本期的专文将着重应用方式的介绍与讨 菁英团队，集哈佛、剑桥大学与麻省理工学院等众 论。 多优秀研究人员所建构，利用小分子药物处理人类 细胞后的基因表现差异，建立一个小分子药物、基 因表现与疾病相互关连的生物应用数据库。研究团 案例一：推论药物的主结构与药理作用 队认为以基因表达谱为所建立之基因、疾病与药物 该研究团队以天然雌激素受体的配体 (natural 的关联性，应可协助学者们在药物开发领域上，快 estrogen receptor ligand)，17 β-estradiol (E2) 处理 速利用基因表达谱的数据比对出与疾病高关联性 MCF7 细胞株的Microarray 数据，验证 cmap 是否 的药物、推论大部分药物分子的主要化学结构，并 能正确输出与雌激素同或类似的药物结果。 能够归纳出药物分子可能作用的机制方向！ Microarray 的基因表达谱数据需先分成正向调控与 负向调控的基因群，此笔数据显著差异的正向调控 基因数目有 个，负向调控的基因则是 个。 129 89 经过 的比对之后， 类的药物均呈现 cmap 建立方式 cmap E2 high 该团队的成果发表在国际科学期刊 Science1， 目前已累积有 1,309 个药物分子，总共有超过 7000 笔的基因表达谱资料。每一种药物分子会以不 同浓度 (10nm 、100nm、1 µM 与10µM) 处理在不 同的细胞株 (breast 、prostate 、leukemia 与 理不同的时间点 与 melanoma cell line) ，并处 (6 12 小时 基因表达谱数据区分成正向调控基因群与负 ) 。 向调控基因群进行分析，以运算基因图谱的相似程 度为主，最后给予分数。分数越接近 代表两者的 1 药物分子为正相关，称作 positive 或是 induce 图一、Estrogen receptoragonists and antagonists connection ；反之，与负向调控基因群的基因图谱相 近之药物分子，score 则会呈现负值，称作negative 1