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核酸、氨基酸序列和蛋白质二级结构之间关系的探究 马鹏，王联结 陕西科技大学生命科学与工程学院，陕西咸阳（712081） E-mail ：04mapeng@ 摘 要：核酸序列中是否存在蛋白质空间结构信息？根据通常情况下遗传密码表中密码子中间位的 碱基配对时产生的氢键数目，尝试将 20 种氨基酸划分为两类，并用自编的计算机软件对蛋白质二 级结构数据库中两类氨基酸的类聚现象进行了统计分析。结果表明，使用这种方法对氨基酸进行划 分后，氨基酸残基具有较大概率与划入同一类的氨基酸残基相邻出现，并且这种聚集体对二级结构 具有一定的偏好性。 关键词：核酸，氨基酸序列，二级结构，预测 1. 引言 过去的几十年中，出现了多种多样的蛋白质二级结构预测方法。其中一部分，也是最早出现的， 后来出现低谷的研究方法是统计序列中氨基酸残基对结构的倾向性[1~3] 。但近年来，通过氨基酸序列 预测蛋白质二级结构的研究又有复苏。长期以来，人们也试图通过分析核酸序列找到蛋白质空间结 构的信息，例如从氨基酸的密码子出发来研究序列和结构之间的关系[4~6] 。对氨基酸残基聚集体的研 究也有报道[3,7~9] 。本文根据氨基酸密码子和反密码子配对时中间位碱基之间正常情况下形成的氢键 数目 （以下简称为氢键数法）的不同对氨基酸残基进行了重新分类，并对分类后可能在蛋白质序列 中存在的类聚现象（同一类氨基酸残基的连续分布）做了初步研究。 2. 方法 2.1 氢键数方法 根据20 种氨基酸三联密码子中间位的碱基在正常情况下能够形成的氢键数目为2 或3 的不同， 将20 种氨基酸分为两大类，其中：第一类氨基酸残基包括A 、G、C、T、P 、R 、S 和W ；而第二 类包括D 、E 、F 、I、K 、L 、N 、Q、V 、H 、Y 和M 。 2.2 数据库 选用DSSP数据库，并使用相似性小于25 ％的蛋白质选择列表，最后取得了923 个非同源蛋白 质数据。在DSSP二级结构8 态分类到3 态分类转换中借鉴前人工作采用如下划分：α螺旋h （H ，G， I ），β折叠e （E ）和卷曲c （B ，T ，S，C ）。将B结构划入卷曲中是因为它作为一个独立的连接键， 很难被认为是一种规则结构[3] 。再将3 种二级结构按照其是否属于规则结构划为两大类：第一类为 非规则结构（c ）；第二类为规则结构（h ，e ）。 2.3 统计方法 根据氢键数方法将氨基酸分类后，为了研究这种分类方法在蛋白质二级结构预测中的应用意 义，我们进行了一些统计计算。早期观察表明，分类后某些氨基酸残基在一些蛋白质中具有类聚倾 向。那么这种类聚是否在蛋白质中具有普遍性？在不考虑二级结构的情况下，对蛋白质中类聚出现 概率的统计给这个问题做出了衡量。类聚的出现如果有相当大的可能性，对类聚和蛋白质二级结构 之间对应关系的研究则是必要的。这种对应关系的研究包括两个方面：类聚中的残基是否具有特定 的二级结构；具有特定二级结构的氨基酸残基是否处于特定的类聚中。 在不考虑二级结构情况下，统计出处于类聚的残基数量N ，该数值与残基总数Nt 的比值P作为衡 量类聚现象是否具有普遍性的统计量，表示一个氨基酸残基处于类聚的概率，有： P ＝N/Nt -1- 特定氨基酸出现在类聚中的概率：令Pi,j （j ＝1..20 ）表示第j 种氨基酸出现在其所在类别类聚中的 概率，N 表示第j 种氨基酸出现在第i类类聚中的残基数，N 表示第j 种氨基酸的总残基数。显然，当 i,j j 类聚最小长度定义为2 时，Pi,j 成为氨基酸j 与同类氨基酸相邻出现概率。上述各项有以下关系： Pi,j ＝Ni,j/Nj