基于自组装DNA分子逻辑计算模1.docx

DNA逻辑计算模型2014 PAGE \* MERGEFORMAT11 DNA逻辑计算模型 PAGE \* MERGEFORMAT1  XE DNA分子逻辑计算模型  XE DNA:DNA分子：DNA分子逻辑计算模型 基于自 组装的DNA分子逻辑计算模型 目录 1.背景介绍 4 1.1基于DNA的逻辑计算 4 2.实验方法 4 2.1逻辑算法，自组装结构，和DNA序列设计 4 2.2 DNA和金纳米粒子共轭 5 2.3计算模型的反应条件 张珹，杨晶，徐进 1.软件研究所,电子工程和计算机科学的学校, 教育部高可信软件技术重点实验室,北京大学,北京100871,中国 2. 中国科学院计算技术研究所,中国科学院,北京100190,中国 2011年5月27日收到,2011年8月4日接受 在本文中, 逻辑计算模型是使用DNA纳米粒子构建, 结合的DNA / Au纳米粒子的颜色变化的技术的结合物和DNA计算。几种重要的技术被利用到这个分子计算模型中:DNA自组装, DNA /金纳米粒子共轭和从金纳米粒子聚集而产生的颜色变化。这个简单的逻辑计算模型被认为是一个颜色的变化，从不断变化的DNA自组装。基于这个逻辑计算模型一组操作的计算模型也被建立, 通过一个简单的逻辑问题解决了。为了扩大这个逻辑纳米计算系统,一种用于甲型H1N1流感病毒基因的检测的分子检测方法被开发。 逻辑计算，DNA计算，纳米粒子，DNA自组装 引文：张珹，杨晶，徐进，基于自组装的DNA分子逻辑计算模型。中国科学通报2011，56：3566—3571，doi：10.1007/s11434-011-4725-3 在计算机研究领域，分子计算已经从一种单纯的理论逐渐成长为实验的实现。DNA计算因为它在纳米技术操作方面的优势，已经成为了分子计算中的领导者。在DNA计算开始时，科学家试图解决几种不同的数学问题，例如：可满足性问题，图着色问题，最大集团问题和最大独立集问题[1-4]。尽管在比较DNA计算与传统电子计算的困难，DNA计算在巨大的并行计算潜力仍然是一个有吸引力的焦点。 在信息科学领域，逻辑计算是一种计算的基本单位。因此，利用分子执行逻辑计算是十分重要的，在这方面分子扮演着重要的角色。很多种材料可以用来构建逻辑的大门，例如：核酸，生化酶[5-11]。基于DNA的逻辑系统已最引人注目[12-15]。最近，DNA自组装和纳米粒子的组合已成为了一个研究热点[16-19]。纳米粒子是一种在纳米尺度的小颗粒。常用的纳米粒子是金，银和半导体量子点。重要的是，最广泛使用的是金纳米粒子（金纳米粒子），它是稳定的，均匀的，具有较强的化学结合能力。 Figure  SEQ Figure \* ARABIC 1  在本文中，逻辑计算模型是利用DNA纳米构造，结合的DNA /金纳米粒子的颜色变化的技术的结合物和DNA计算。简单的逻辑计算被认为是由于DNA改变自组装的颜色改变。同时，一系列操作计算模型被建立，通过这个方法一个简单的逻辑问题解决了。为了扩大这个逻辑纳米计算系统,一种用于甲型H1N1流感病毒基因的检测的分子检测方法被开发。重要的是，几个关键技术（DNA自组装，DNA/Au纳米粒子共轭，金纳米粒子聚集的颜色改变）被利用到了这个分子计算模型中。 1.背景介绍 1.1基于DNA的逻辑计算 随着电子纳米粒子技术和分子信息处理的发展，DNA逻辑计算已越来越引人注目。不仅被用于基因工程和疾病诊断，而且还用于并行计算，纳米信息处理和分子密码。在2000年，毛首先在journal nature中报道了一个简单的用于DNA自组装的DNA逻辑机器[20]。在2003年，Stojanovic组装了一个用于DNA加速溶剂萃取的DNA逻辑计算模型。后来，在2006年，另一个DNA逻辑计算通过一个来自加利福利亚技术学院的研究组在science中被报道出来[22]。在2010年，Itamar Willner 的研究组建立了一个利用脱氧核酶的分子计算模型。这项研究被评为创新系统的研究[23]。所有的这些研究提供了为未来努力的方向。然而，大多数的研究用于DNA或生化酶。因此，该单元结构简单。除此之外，这种检测方法可能有点复杂。事实上，传统的检测方法有一定的缺点，例如多个程序，长期成本和大型设备的可靠性[24-26]。因此，这些剩余的某些方面可以在DNA逻辑计算模型中改进。 1.2在DNA /金纳米粒子自组装复合物中的颜色改变 DNA的纳米影响因子的形成总是精确的控制是一个研究目标。为此，DNA /金纳米粒子自组