单分子测序技术带给基因组学研究和转化医学的革新.PDF

Gene Express 基因快讯2011年第1期 单分子测序技术带给基因组学研究及转化医学的革新 革命性的第三代测序系统——PacBio RS PACBIO RS系统的一个显著特点在于从样本制备到 获得测序结果，所需的时间还不到一天，且典型的测序运 行时间低至30分钟。序列数据在几分钟之内就能产生并能 实时观察，这对于传染病监控和分子病理学尤为重要。目 前的平均读长超过1000bp ，其中5%最长的读长甚至可高 达数千bp ，比二代测序的读长要长很多。可为海量的二代 测序数据拼接提供帮助。此外，试剂消耗和样本制备量极 少，且不需要常规的PCR扩增步骤，使得假阳性率也大大 减少，聚合酶动力学的直接观察也可赋予研究者以测序之 外的更多应用。凭借这一系列的优势，Pacific Biosciences 公司于20 10年被美国麻省理工学院 （MIT ）的 《技术评 论》 （Technology Review ）杂志评为全球50家最具创新力 一、概述： 的企业之一。 从1980年英国生物化学家Frederick Sanger与美国生 二、PACBIO RS系统测序原理 物化学家Walter Gilbert建立DNA测序技术并获得诺贝尔 化学奖至今已有近三十年了。在这三十年，DNA测序技 术取得了令人瞩目的进展，为生命科学研究领域开辟了 新的视角，使研究水平上升到新的高度。回顾过去，第 一代测序技术帮助人们完成了包括人类基因组计划在内 的多种生物基因组序列测定及数据库的建立。第二代测 序又以更高的通量，更简易，标准化，自动化的操作以 及不断降低的测序费用加速拓展着测序应用的广度和深 度，不仅大大促进了基因组学，转录组学，核酸蛋白相 互作用等相关生物学研究的发展，还让人们看到了其在 图1 SMRT Cell外观及构造原理 医学，临床诊断，药学等等领域广阔的应用前景，让人 PACBIO RS系统专利的SMRT Cells ( 图1) ，其含有 们对个人基因组时代充满期待。在这里，我们将给大家 数以万计纳米级的零模波导孔 （zero-mode waveguides, 介绍最新的第三代测序技术及其将带来的革新。 ZMWs ）。测序反应是在专利的SMRT cell 中进行的，每个 Pacific Bioscien ces 公司研发的PA CBIO R S 单分 SMRT cell 中有150,000个ZMW 。每个ZMW都能够包含一 子实时测序系统，革命性地推出了单分子实时 （Single 个DNA聚合酶及一条DNA样品链。这样，SMRT Cell能够 Molecule Real Time, SMRT ）DNA测序技术，在测序历 平行检测大约75,000个单分子测序反应。 史上首次实现了人类观测单个DNA 聚合酶合成过程的梦