一种改进犃犳犳狔犿犲狋.PDFVIP

第 卷第 期 数 据 采 集 与 处 理 ２８ ５ Ｖｏｌ．２８Ｎｏ．５ 年 月 ２０１３ ９ ＪｏｕｒｎａｌｏｆＤａｔａＡｃｕｉｓｉｔｉｏｎａｎｄＰｒｏｃｅｓｓｉｎ Ｓｅ．２０１３ ｑ ｇ ｐ 文章编号： （ ） １００４９０３７２０１３０５０５７２０８ 　　 一种改进的犃犳犳犿犲狋狉犻狓外显子芯片原始数据分析方法 狔 刘学军 张武军 张 礼 　 　 　 （南京航空航天大学计算机科学与技术学院，南京， ） ２１００１６ 摘要：选择性剪切与许多人类疾病有关，基因以及基因异构体水平的表达分析是揭示选择性剪切变化情况的常 用研究方法， 外显子芯片为测量基因以及基因异构体表达水平提供了一种重要方法。由于外显子芯 Ａｆｆｍｅｔｒｉｘ ｙ 片基于杂交技术进行设计，实验数据中存在大量噪声，并且选择性剪切导致一个探针往往对应多个剪切异构体， 这些给剪切异构体表达水平的计算带来了挑战。为此在先前提出的基于伽玛分布的概率模型（Ｇａｍｍａｍｏｄｅｌ ， ）基础上，提出了 模型，进行基因以及异构体表达水平的计算。该模型利用已知 ｆｏｒｅｘｏｎａｒｒａ ｄａｔａ ＧＭＥ ｉＧＭＥ ｙ 的基因剪切异构体与探针的对应关系，模拟了条件独立的探针特性。通过采用真实实验数据进行验证，并与传 统方法进行比较，结果表明ｉＧＭＥ模型获得了较高的计算精度和更快的计算速度。 关键词：基因表达；选择性剪切；伽玛分布；概率模型；外显子芯片 中图分类号： 文献标志码： ＴＰ３９９ Ａ 　　　　 犐犿 狉狅狏犲犱犕犲狋犺狅犱犳狅狉犘狉狅犫犲犾犲狏犲犾犃犳犳犿犲狋狉犻狓犈狓狅狀犃狉狉犪 犇犪狋犪犃狀犪犾狊犻狊 狆 狔 狔 狔 ， ， 犔犻狌犡狌犲狌狀 犣犺犪狀 犠狌狌狀 犣犺犪狀 犔犻 犼 犵 犼 犵 （ ， １．ＣｏｌｌｅｅｏｆＣｏｍ ｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏ Ｎａｎｉｎ ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｏｆＡｅｒｏｎａｕｔｉｃｓａｎｄ ｇ ｐ ｇｙ ｊｇ ｙ ， ， ， ） Ａｓｔｒｏｎａｕｔｉｃｓ Ｎａｎｉｎ ２１００１６ Ｃｈｉｎａ ｊｇ ： 犃犫狊狋狉犪犮狋Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｌｉｃｉｎ ｉｓａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｍａｎ ｈｕｍａｎｄｉｓｅａｓｅｓ．Ａｎａｌｓｉｓｏｆ ｅｎｅａｎｄ ｐ ｇ ｙ