DNA的PCR引物设计.pptVIP

DNA的PCR引物设计 黄燕茹 2012.07.19 引物设计的原理 长度：一般来说，寡核苷酸引物长度为20-25bp. Tm值：引物的Tm值一般控制在55-60℃，尽可能保证上下游引物的Tm值一致，一般不超过2℃。若引物中的G+C含量偏低，则可以使引物长度稍长，而保证一定的退火温度。 （G+C）含量：有效引物中（G+C）的比例一般为40～60％。? 　　 碱基的随机分布：引物中四种碱基的分布最好是随机的，不存在聚嘌呤和聚嘧啶，尤其在引物的3’端不应超过3个连续的G或C 引物自身：引物自身不存在连续4个碱基以上的互补序列，如回文结构，发夹结构等，否则会影响到引物与模板之间的复性结合，尤其避免3’末端的互补。 步骤 相关致病基因的确定 使用UCSC下载序列（加州大学圣克鲁兹分校 ） 搜索引物 引物的筛选 以DMD为例 选择外显子最全的，或是根据已查文献所提供的资料，或是根据需要而选择。 复制序列 引物一般设计在外显子70bp以外 头：外显子第一个碱基前250-300个bp处开始复制 尾：外显子最后一个碱基后250-300个bp处结尾 引物设计与筛选  以Primer Premier 5.0软件为例 打开软件，调