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電 腦 與 化 學 課本 實驗前 言 我們利用美國西北大學 Wilensky 教授設計、研發的軟體 ---- NetLogo， Wilensky, U. (1999). NetLogo. /netlogo. Center for Connected Learning and Computer-Based Modeling. Northwestern University, Evanston, IL. ----- 以及他們使用 NetLogo 建立的模型 (Models Library)，為應用化學系同學編寫了一套「電腦與化學」的教材；內容除了介紹 NetLogo 的特性與功能，也談到與分析化學、物理化學、生物、生化反應有關的模型，希望能為同學在書本的理論、觀念和實驗課的儀器測量之間建立一座橋樑。 NetLogo 是一個功能強大的軟體，Models Library 涵蓋自然科學、社會科學各個領域，我們只引用其中和化學、生物有關的一小部份；想要更深入認識 NetLogo 的同學可以進入 NetLogo 的網站： /netlogo，或是 Wilensky 教授的首頁： /uri 。 目 錄 一、 簡介 1 二、 模型的操作 (一) 8 三、 模型的操作 (二) 16 四、 酸鹼滴定 24 五、 氣體動力學 (一) 32 六、 氣體動力學 (二) 41 七、 指令、程序 (一) 45 八、 指令、程序 (二) 51 九、 反應動力學 68 十、 Models Library 的應用 76 十一、 複雜系統 83 附錄 96 簡 介 NetLogo 是什麼東西？ NetLogo 是一套用 Java 語言編寫的電腦模擬程式。 NetLogo 建立的虛擬世界裡有兩組元件，如果用方格紙 (或是在一張白紙上畫好 XY 座標) 為例，第一組元件就是那些小格子，它們有自己的“位置”(XY 座標)，還可以附上其他的各種特性，但是不能移動，NetLogo 的設計師稱它們“patch”。 第二組元件是一群可以在方格紙上移動的小烏龜 (turtle)；除了受到腳下小格子的影響，小烏龜之間也能互相作用。 利用這兩組元件，NetLogo 可以幫助我們了解許多自然科學、社會科學的複雜現象，分析微觀的相互作用與巨觀整體行為的關係。 NetLogo 的作者是美國西北大學的 Uri Wilensky 教授；它是一個自由軟體，任何人都可以上網 (/netlogo) 下載，安裝在自己的電腦上。 美國西北大學的 Center for Connected Learning and Computer-Based Modeling (CCL) 用 NetLogo 建立了許多複雜系統的模型，涵蓋生物、化學、物理、材料、地球科學、數學、電腦 (computer science)、網路 (networks)、系統動力學 (system dynamics)、社會科學等等。 學生可以在虛擬世界裡直接觀察各種複雜現象，不僅能得到由下而上 --- 從組成分子的相互作用決定系統整體的行為模式 --- 的概念，更能調整模型中設定的參數，學習操控複雜系統的功能。 他們發現利用電腦模擬讓學生“看到”、“接觸到”複雜系統的變化，是學習各種與複雜現象相關的觀念、理論最有效的方法。 從細胞的新陳代謝到中東的動盪情勢，我們周遭發生的事情都是複雜系統的表現。 近年來複雜系統的研究已有相當成果，許多想法、理論不僅得到證實，還應用在科學、工程、醫學、財金、法律、管理各個領域。 二十一世紀教育的主題之一就是教導學生了解複雜系統，以複雜系統的模型從事科學研究，進而應用在藥物、醫療方法的設計，光電、生化各項科技的研發，企業、組織、政府的決策，以及能源、環保、地球生態的經營。 NetLogo 一方面夠簡單，老師、學生都能很容易的學會操作，甚至建立自己的模型；另一方面，這個程式的功能強大，具有同時處理數千個“代理單元”(agent，也有人譯為代理人或是智能體；先前提到的每一個“patch”，每一隻“turtle”都是一個“agent”) 的能力，可以應用在許多進階的研究領域上。 NetLogo 的下載與安裝 在 Internet Explorer 的網址列輸入 /netlogo/，可以進入 NetLogo 的首頁： 點選左邊的“Download”，顯示的畫面可以連接到“System Requirements”，告訴我們電腦必須具備那些條件才能安裝 NetLogo；也能連接到“Models Library”，在那兒可以找到所有用 NetLogo 建立的模型，包括美國西北大學納入教學課程的“curricular models”，以及正在改進、檢測中的模型 (標註“unveri