拟南芥叶绿体SSR引物在甘蓝上的应用.pdfVIP

园 艺 学 报 2011 ，38 （3 ）：549 –555 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 拟南芥叶绿体 SSR 引物在甘蓝上的应用 * 张扬勇 ，方智远，王庆彪，刘玉梅，杨丽梅，庄 木，孙培田 （中国农业科学院蔬菜花卉研究所，北京100081） 摘 要：根据拟南芥的叶绿体全基因组序列，搜索获得 89 个叶绿体基因组 SSRs （cpSSRs ），平均每 1.736 kb 出现 1 个 SSR。针对这些 SSR 设计 cpSSR 引物 58 对，其中 32 对能在甘蓝上应用。5 对引物在 甘蓝 C300、C322 和波里马油菜 N478 、N479 间有多态性，这些片段均位于基因内含子区或基因间隔区。 测序结果显示单核苷酸 A/T 重复数从 8 个到 13 个不等。同源性比较表明 C300、N479 之间的同源性大于 两者与拟南芥之间的同源性。 关键词：甘蓝；叶绿体 SSR；波里马油菜；多态性 中图分类号：S 635 文献标识码：A 文章编号：0513-353X （2011 ）03-0549-07 Utility of Arabidopsis Chloroplast Simple Sequence Repeat （cpSSR ） Primers in Cabbage （Brassica oleracea L. var. capitata L. ） * ZHANG Yang-yong ，FANG Zhi-yuan ，WANG Qing-biao ，LIU Yu-mei ，YANG Li-mei ，ZHUANG Mu ， and SUN Pei-tian （Institute of Vegetables and Flowers ，Chinese Academy of Agricultural Sciences ，Beijing 100081，China ） Abstract ：According to the Arabidopsis thaliana chloroplast whole genome sequence ，89 chloroplast SSRs （cpSSRs ）were searched ，with an average of 1.736 kb per SSR. Thirty-two pairs of primers ，out of 58 designed primers got effective amplification in cabbage. Between cabbage C300，C322 and rapeseed polima N478 ，N479 ，five primers showed polymorphism，which located in intron or intergenic region. The number of single nucleotide repeat A/T ranged from 8 to 13. Homology between C300 and N479 was greater than the homology between Arabidopsis thaliana and C300 ，N479. Key words ：Cabbage ；cpSSR ；polima rapeseed ；polymorphism 过去 20 多年里，简单重复序列（Simple sequence repeats，SSR ）分子标记技术在甘蓝重要农艺 性状定位、核心种质构建、遗传多样性分析、图谱构建等方面得到广泛应用（陈琛 等，2010 ）。与 核基因组相比，叶绿体（chroloplast，cp ）基因组为单亲遗传，保守程度高，结构相对简单，因此在 很多作物上利用叶绿体 SSR 标记进行原生质体融合植株鉴定、亲缘关系评价、叶绿体单倍型划分等 （Ka