宽皮柑橘单核苷酸多态性的高分辨率熔解曲线分型.pdfVIP

园 艺 学 报 2012 ，39 （4 ）：777 –782 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 宽皮柑橘单核苷酸多态性的高分辨率熔解曲线 分型 1,2,3 1 2 3 3 3 3,* 吴 波 ，杨润婷 ，朱世平 ，钟 云 ，姜 波 ，曾继吾 ，钟广炎 1 2 3 （西南大学园艺园林学院，重庆 400715 ； 中国农业科学院柑桔研究所，重庆 400712 ； 广东省农业科学院果树研 究所，农业部热带南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室，广州 510640 ） 摘 要：高分辨率熔解曲线分析（High resolution melting analysis，HRM ）可以检测单碱基改变引起的 DNA 双链熔解温度（Tm ）值变化，从而可以对样本在单核苷酸多态性分子标记（Single nucleotide polymor- phism ，SNP）上进行基因分型。通过分析NCBI 数据库中宽皮柑橘的表达序列标签（Expressed sequence tag， EST ）数据鉴别SNP 位点，并用小片段扩增法高分辨率熔解曲线分型技术（High resolution melting analysis of small amplicons ）分析 11 个宽皮柑橘 （Citrus reticulata）品种以及柳橙（Citrus sinensis Osbeck var. ‘Liucheng ’） 的 5 个 SNP 位点的基因型。结果显示，小片段扩增法高分辨率熔解曲线分型可以快速、清楚地分辨纯合与 杂合基因型，在校正温度差异后也可以很好地分辨同一个 SNP 位点不同的纯合型。统计分析表明样本在所 有 SNP 位点上均存在多态性，5 个 SNP 位点的平均多态性信息含量（PIC ）为0.3190，显示样本在这组 SNP 位点上具有较高的杂合率。 关键词：宽皮柑橘；高分辨率熔解曲线；单核苷酸多态性；基因分型 中图分类号：S 666.2 文献标识码：A 文章编号：0513-353X （2012 ）04-0777-06 Genotyping Single Nucleotide Polymorphisms in Mandarin Cultivars Using High Resolution Melting Analysis 1,2,3 1 2 3 3 3 WU Bo ，YANG Run-ting ，ZHU Shi-ping ，ZHONG Yun ，JIANG Bo ，ZENG Ji-wu ，and ZHONG Guang-yan3,* 1 2 （College of Horticulture and Landscape，Southwest University ，Chongqing 400715 ，China； Citrus Research Institute， 3 Chinese Academy of Agricultural Sciences，Chongqing 400712 ，China；Key Laboratory of Tro