梨EST_SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价.pdfVIP

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2017-06-13 发布于山东
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梨EST_SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价.pdf

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中国农业科学 2010,43(24):5079-5087 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.24.012 梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价 1，3 2，3 1 2 1 1 1 王西成，姜淑苓，上官凌飞，曹玉芬，乔玉山，章镇，房经贵 1 2 3 （南京农业大学园艺学院，南京 210095 ；中国农业科学院果树研究所，辽宁兴城 125100 ；农业部果树种质资源利用重点开放实验室，辽宁兴城 125100）摘要：【目的】分析梨EST 中SSR位点分布规律，开发梨EST-SSR引物，探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签（expressed sequence tag，EST）1 293条，利用MISA软件对其进行SSR 位点查找，将符合条件的序列选出，利用Primer3.0 Plus软件设计48对引物，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些 SSR 引物的 PCR 扩增特点，并对部分扩增产物克隆与测序，以验证其真实性。【结果】1 293 条梨的 EST 序列中含有 SSR 位点的序列为 82 条，SSR 位点 92 个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型，分别占48.91%、17.39%和17.39%。48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR 产物，其中27对引物扩增条带具有多态性。同时发现11对引物中，有83.87%的片段具有相应的SSR位点。聚类结果表明，梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群，分类效果明显。【结论】梨EST-SSR标记开发效率较高，是梨 SSR标记开发的重要措施，对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。关键词：梨；EST；SSR；遗传多样性 Development of EST-Derived SSR Markers for Pear and Evaluation of Their Application in Pear Genetic Diversity Analysis 1,3 2,3 1 2 1 WANG Xi-cheng , JIANG Shu-ling , SHANGGUAN Ling-fei , CAO Yu-fen , QIAO Yu-shan , 1 1 ZHANG Zhen , FANG Jing-gui 1 2 ( College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095; Research Institute