高通量测序样品要求及注意事项要点.pdfVIP

高通量测序样品要求及注意事项 BIOPIC 面向北京大学校内提供高通量测序服务，所使用的测序仪为 Illumina 公司的 HiSeq 2000 测序仪等。为保证获得高质量的测序结果，一个重要前提是提供给我们高质量 的DNA、RNA 样品。请仔细阅读本说明并严格按照要求准备样品，这将帮助您得到最佳的 测序数据和结果。如果所递交的样品质量不能符合下述要求，您的样品将不被处理并将被通 知退回。接到我们的退回通知后，请到测序中心取回您的样品。通知一个月后未被领取的退 回样品我们将不再保留。 一、 样品信息单 所有样品必须随同《样品信息单》一起递交，请在BIOPIC 网站上下载表格或者联系中 心的工作人员 ，sequencing@pku.edu.cn ）索取表格。请详细填写信息单上所 要求的各项样品信息及您的测序要求，并发送至 sequencing@pku.edu.cn ，同样品一起递 交至BIOPIC 中心测序实验室。 二、 DNA/RNA 样品要求 我们接受的样品包括提取好的Genomic DNA ，Total RNA, ChIP-Seq 产物等。提交的 DNA 或者RNA 样品由中心的工程师建立测序文库并上机测序，结果将以碱基序列的形式提 交给用户。针对基因组测序、mRNA 转录组测序、外显子组测序、染色质免疫沉淀测序等 不同测序要求，所需样品量略有不同，请参见下表： 建议总量/(最低量*) 建议浓度/(最低浓度*) RNA 转录组测序 4 / (0.5) μg 200 / (20) ng/μl 链特异RNA 测序 4 / (0.5) μg 200 / (60) ng/μl Small RNA 测序 3 / ( 1.5) μg 300/ ( 150) ng/μl ChIP 测序 20 / (5) ng 5 / (1) ng/μl Multi-PCR 产物高通量 20 / (5) ng 5 / (1) ng/μl DNA 重测序 3 / (1) μg 50 / (20) ng/μl 测序 Human Exome 测序 10 / (3) μg 50 / (20) ng/μl RRBS 甲基化测序 2/(1)ug 50 / (20) ng/μl WGBS 甲基化测序 6/(3)ug 200/(50)ng/ul *最低量或浓度仅以Pico Green (Qubit)检测结果为准，建库有一定风险。在样品量充足的情况下请按建议量提交样品。上述样 品量的要求为一次样品制备所需量，如需多次制备样品，请按照制备次数计算样品总量。 为保证提交样品的质量，请随样品提供电泳胶图、Nanodrop 或Aglient bioanalyzer 中 一种或多种形式的样品检测结果。样品OD 值260/280 须大于1.8 ，无蛋白质，或肉眼可 见的杂质污染。Genomic DNA 应完整、无降解，电泳结果基因组DNA 主带应在λ‐Hind III digest DNA marker 最大条带23 Kb 以上且主带清晰，无弥散（参见下图B ）。Total RNA 应完整性良好，有清晰的18S ，28S 条带，如使用Agilent Bioanalyzer 仪器检测应获得的 28S:18S≥1(小RNA 测序，28S:18S≥1.5) ，RIN≥8 （参见下图A ）。ChIP-Seq 样品要求打断 后DNA 长度在100-500bp 范围内，主峰在200-300bp ，最佳长度在250bp 左右。 OD 值260/280 小于1.8 ，或不符合上述任何其他浓度、纯度等要求的样品将被退回。 为减少样品污染，提高样品质量，建议使用以下试剂盒提取RNA/DNA ： RNeasy Mini Kit Cat.No.74104 ；QIAshredder Cat.