高丛越桔UFGT基因电子克隆及生物信息学分析.docVIP

高丛越桔UFGT基因电子克隆及生物信息学分析 　　摘要 [目的]通过电子克隆技术对高丛越桔UFGT基因进行预测。[方法]以笃斯越橘UFGT序列为探针，基于NCBI中高丛越桔的EST数据库和CAP3在线软件进行序列拼接，利用生物信息学数据库及相关软件对其结构和功能进行预测分析。[结果]高丛越桔UFGT基因全长1 789 bp，包含1 161 bp的开放阅读框，编码386个氨基酸，该蛋白为亲水性蛋白。[结论]本研究为进一步解释基因的分子功能奠定理论及实验基础 关键词 高丛越桔；UFGT；电子克隆；生物信息学 中图分类号 S662.2 文献标识码 A 文章编号 1007-5739（2017）06-0081-04 Analysis on Insilico Cloning and Bioinformatics of Vaccinium corymbosum UFGT Gene XIN Xiao-juan 1 MA Wei 2 * LI Yu-cheng 3 （1 Daxing′ anling Academy of Agriculture and Forestry in Heilongjiang Province，Daxing′ anling Heilongjiang 165000； 2 Heilongjiang University of Chinese Medicine； 3 Daxing′ anling Forestry Administration） Abstract [Objective]Using electronic cloning technology to predict UFGT gene of Vaccinium corymbosum.[Methods]Taking Vaccinium uliginosum UFGT sequence as the probe sequence，based on EST sequence from NCBI and assembled by CAP3 sequence assembly programme，using bioinformatics database and related software to predict the structure and function analysis.[Results]The full length of UFGT gene was 1 789 bp and it contained a 1 161 bp ORF，encoding 386 amino acid and the protein is a hydrophilic protein.[Conclusion]The study can provide theoretical and experi-mental basis for furt类化合物在高等植物界分布广泛，可以参与花、叶片及果实等颜色的形成，还具有抗炎、抗癌、抗氧化和保护心脑血管系统等多种药理作用[2]。植物中的类黄酮-3-O-葡萄糖基转移酶（UFGT）处于类黄酮合成途径中，形成各种花色苷[3]。目前，科研人员已在葡萄、玉米、水稻、草莓、荔枝等植物上对UFGT基因进行了分析研究[4-5] 电子克隆是一种基因克隆方法，具有高效、快速、投入低，并可以为实验克隆提供精准的参考序列等优点[6-8] 本研究基于电子克隆技术，对预测的高丛越桔的UFGT基因进行序列分析，从理化性质、亚细胞定位、氨基酸组成、信号肽、跨膜结构域等方面对该基因编码的蛋白进行了预测，以期为进一步解释基因的分子功能奠定理论及实验基础 1 材料与方法 1.1 电子克隆获得新基因序列 以笃斯越橘UDP-glucose：flavo-noid 3-O-glucosyltran-sferase（UFGT）基因（KP218512）作为探针，使用Blastn工具检索NCBI中与探针序列同源性较高的高丛越桔EST序列，使用在线工具CAP3[9]进行拼接，以拼接好的重叠群（Contig）为探针，再次Blast检索，如此反复 1.2 生物信息学分析 对预测的高丛越桔UFGT基因序列进行分析，具体在线生物信息学软件如表1所示 2 结果与分析 2.1 新基因的识别 以笃斯越橘UDP-glucose：flavo-noid 3-O-glucosyltran-sferase（UFGT）基因（KP218512）为探针，获得全长为1 789 bp的Contig 1条，其开放阅读框长度为1 161 bp，编码386个氨基酸，具体见图1 2.2 高丛越桔UFGT基因编码氨基酸一级结构预测 蛋白质是生命功