第一章 1.2蛋白组数据结构+常用数据库介绍+GO分类定义.pdfVIP

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2017-06-15 发布于北京
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第一章 1.2蛋白组数据结构+常用数据库介绍+GO分类定义.pdf

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蛋白/蛋白组数据结构中心法则蛋白组 == 全体蛋白 Applications 系统生物学（Systems biology ）- 全面宏观的了解各种通路，网络以及相互之间的作用. 生物学过程（biological process) – 确定亚蛋白组信息：蛋白复合物构成，细胞器中的蛋白组等生物标记物（Biomarkers）- 疾病发现/诊断/ 治疗/监控寻找新药靶（Drug targets）- 确定低毒性，有效的药物靶标数据分析流程 DOI: 10.1371/journal.pcbi.1002277 蛋白肽段统计数据一级结构：蛋白序列二级结构：螺旋，折叠三级结构：序列的三维空间结构四级结构：二聚体，多聚体蛋白质序列/肽段 • MNIQQLALQNIKGNWRNYKVFFLSSCFAIFASFAYMSVIVHPYMKE • 蛋白质序列是 TMWYQNVRWGLIICNIIIISFFIIFILYSTSIFIEARKKELGLYMLMGATK SNVIGVIMTEQMLIGVFANIFGIGLGIIFLKLFFMVFSMLLGLPKELPII 由20种氨基酸 FDVRAIGGTFIAYMVVFVVLSFISALRIWNIKIIRLLKEFRTDKKEKKTS MRLCIFGLICLGIGYALALQTTMPTIAFYFFPVSILVFFGTYFSFTHGTA 的单字母符号 QILELIKRNKKIMYTYPYLFIVNQLSHRMKENGRFFFLMSMATTFVV TATGTVFLYFSGMQDMWRGGGVHSFSYIEKGTSSHEVFAEGMVE QLLHQYGYDDFQSMSFVGVYASFQSSKGETEIATLMKESEYNQEAR 排成的序列。 KQGQKTYHPKKGSVTLVYYNKYNHPNMYDQKEIQLQVMNQTYSF VFNGQKEGIQFNYHPSQINGLFFVMHDEDFDGIANKVPDSEKMIY RGYTLPNIENTKELNEDLRKHMKQDDNNAFRSNMELYVNMKAFG DITLFVGSFISILFFLTSCSIVYFKWFHNIASDRKEYGALSKLGMTKEEV WRISRWQLCMLFFAPIIVGSMHSAVALYTFHNTIFMDGSLRKVGLFI LFYIAACIMYFFFAQREYRKHLD 肽段 /peptide_cutter/ 蛋白降解预测工具 Trypsin胰蛋白酶虚拟酶解原始数据：质谱图质量排列 • 虚拟酶解的结果，产生了一系列的多肽，我们可以计算每个多肽的质量。把所有多肽的质量排序。问题 • 质量相近的多肽 • 长短蛋白（长蛋白里 – 限制用来搜索的数据库的多肽数目较多，即 – 匹配多个片段以概率来算，匹配上的几率也会比较大） • 多个蛋白（同一个点