3.ForcitePlus与Mesocite模块的使用.PDFVIP

创腾科技有限公司 3. Forcite Plus 和Mesocite 模块的使用 3.1 气体在聚合体中扩散的测量 本节介绍如何使用力场方法来计算气体在材料中的扩散系数。在这个例子中，涉及的模 块有Materials Visualizer, Forcite Plus, Amorphous Cell, COMPASS 。相关背景如下： 气体在有机溶剂、聚合物或沸石中的扩散率可以通过分子动力学模拟计算气体在材料 中的均方位移得到，进而得到气体的自扩散系数。当进行分子动力学计算的时候，可以分析 温度、压力、密度、渗透尺度和结构对扩散的影响。在本教程中，通过构建一个包括甲烷和 poly(cis- 1,4-butadiene) (PBD) 的无定形晶胞来计算甲烷在PBD 中的扩散系数。当构建了晶胞 以后，将进行分子动力学模拟并计算甲烷分子的均方位移。本教程基于 Meunier(1998)年发 表的一篇研究气体在二烯烃聚合物中扩散的文章。 a ）开始 打开New Project 对话框，输gas_polymer 作为project 的名称，然后点击OK 按钮。一 个新的名为gas_polymer 的任务将会显示在任务工具栏中，下面输入需要的结构。 b ）构建初始结构 首先建立并优化一个甲烷分子和PBD 聚合物。 采用Homopolymer building 工具从dienes 库中建立含20 个重复单元的c_butadiene，设 定 Random 扭矩。创建一个新的 3D Atomistic 文档，画一个甲烷分子，并重命名为 methane.xsd 。 注意：本教程中可以采用charge groups，在没有损失精度的同时，来提高计算速度。 聚合物的Charge groups 可自动计算并可通过Display Style 对话框进行显示。 确定Polyc_butadiene.xsd 为活性文件，右击3D Viewer 选择Display Style 打开 Display Style 对话框。将Color by 为 Charge Group，然后关闭对话框。设定methane.xsd 为活性文 件，选择 Modify|Charges 打开Charges 对话框，在Charge Groups 栏点击Calculate 按钮关闭 对话框。 状态栏的信息表明charge groups 已经被成功的设定。 在继续几何优化上述两种结构前，需要设定 Forcite 来用 charge groups 代替默认的 options 进行非键截断计算。 选择 Modules | Forcite | Calculation 打开 Forcite Calculation 对话框。在 Task 中选择 Geometry Optimization 。在Energy 栏选择COMPASS 力场，对于Electrostatic 和van der Waals 加和方法均选为Group based。设置methane.xsd 为活性文件点击 Run 。 新的名为methane Forcite GeomOpt 将会产生，且当计算结束后，优化好的结构保存在 此文件夹中。 设定Polyc_butadiene.xsd 为活性文件，点击Run，关闭Forcite Calculation 对话框。同样 将会产生Polyc_butadiene Forcite GeomOpt/Polyc_butadiene.xsd 。选择File | Save Project ，然 49 创腾科技有限公司 后选择Window | Close All 。 打开优化好的 methane Forcite GeomOpt/methane.xsd 和 Polyc_butadiene Forcite GeomOpt/Polyc_butadiene.xsd 。 c）建立无定型单胞 采用Amorphous Cell 模块构建上述两种分子的无定形模型。 点击 Modules/Amorphous Cell/Calculatio