水稻条纹病毒山东济宁分离物RSV-SD-JN2分子变异分析.pdfVIP

第 35卷 第5期 植 物 保 护 学 报 VoI_35 No．5 2008拄 1O 月 ACTA PHYT0PHYLACICA SINICA 0ct． 2008 水稻条纹病毒山东济宁分离物 RSV-SD-JN2分子变异分析 马 进 宋云枝 李开东 朱常香 ， 温孚江h (1．山东农业大学 作物生物学国家重点实验室，泰安 271018； 2．山东农业大学生命科学学院，泰安 271018) 摘要：为从分子水平探讨强致病性水稻条纹病毒山东济宁分离物RSV．SD—JN2的变异及其致病性， 采用RT—PCR技术，克隆RSV—SD—JN2的RNA3、RNA4区段 cDNA。结果显示，RSV—SD—JN2的RNA3 和RNA4核苷酸序列长度分别为2487、2157bp；RNA3中，NS3基因长为636bp，基因间隔区(IR)为 725bp，CP基因为969bp；RNA4中，SP基因长为 537bp，基因间隔区(IR)为654bp，NSvc4基因为 861bp。不同时期、不同区域和不同致病性的RSV分离物的序列比较发现，RNA3、RNA4序列5和 3末端非编码区具有高度保守性，仅存在个别碱基的差异；基因编码区保守性较高，核苷酸和氨基 酸序列同源性分别在93％和97％以上，且大部分碱基变异为无意义变异；基因间隔区(IR)易于变 异。RSV的分子变异与其地理分布具有密切的关系。RNA4的IR的变异导致RNA二级结构—— 发夹结构的稳定性提高是病毒致病性增强的重要原因。 关键词：水稻条纹病毒；RNA3；RNA4；序列分析；分子变异 TheanalysisofmolecularvariabilityofRicestripevirus isolate(RSV-SD-JN2)inJining，Shandong MaJin SongYunzhi LiKaidong ZhuChangxiang’ WenFujiang (1．StateKeyLaboratoryofCropBiology，ShandongAgriculturalUniversity，Tai’an 271018， ShandongProvince，China；2．CollegeofLifeScience，ShandongAgricultural University，Tai’an 271018，ShandongProvince，China) Abstract：InordertoexplorethereasonofRSVmolecularvariationandsevererpathogenicityattheno— lecularleve1．weclonedtheRNA3andRNA4cDNA fragmentsofRSV．SD—JN2byreversetranscriptase． polymerasechainreaction(RT—PCR)andsequencedthem．TheresultsshowedthatthelengthofRNA3 andRNA4ofSD—JN2were2487bpand2157bprespectively；theNS3gene，IRandCPgeneinRNA3 were636bp，725bpand969bp，respectively；theSP gene，and IR andNSvc4 inRNA4was537bp， 654bp，861bp，respectively．ComparedwiththeCsequencesoftheRSV isolatesthathadbeenreported previouslywithdifferentperiods，differentareas，differentp