2006 标记辅助选择育种中QTL 基因型的多点联合推断.pdfVIP

分子植物育种，2006年，第4卷，第2期，第293-298页 MolecularPlantBreeding,2006,Vol.4,No.2,293-298 新思路、新技术、新方法 NovelThinkingTechnology 标记辅助选择育种中QTL基因型的多点联合推断 汤在祥 陈志军 王学枫 徐辰武* 扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室,扬州,225009 *通讯作者,qtls@ 摘 要 传统的育种方法对数量性状的选择存在很大难度，现代分子标记技术为实现控制数量性状基因的 准确选择提供了有效的技术手段。目前分子标记辅助选择实践仅是对标记基因型的选择，而非直接对QTL 基因型进行选择。尽管标记基因型容易获得，但标记基因型通常并非QTL基因型，除非有关的QTL恰巧在 标记座位。因此，如何鉴别QTL的基因型成为分子标记辅助选择的关键。QTL基因型通常需要通过分子标 记基因型进行推断，由于标记信息的不完全或缺失，使得对个体QTL基因型的鉴别会发生困难。本文在四向 杂交设计的基础上，结合贝叶斯理论和马尔可夫链原理，提出一种通用的QTL基因型多点联合推断方法，该 方法能够很方便地处理显性标记和缺失标记，同时结合标记信息和表型数据联合推断QTL基因型的条件概 率。模拟研究发现，表型数据选择的效果较差，其选择的个体QTL基因型基本上都是错误的，而应用本文所 论述的方法，将表型数据与标记数据相结合选择，对QTL基因型的判断正确，且推断的把握性很高。 关键词 标记辅助选择,四向杂交设计,分子育种,贝叶斯原理,隐马尔可夫模型 Multi-pointJointInferenceofQTLGenotypeinMarker-assistedSelection * TangZaixiang ChenZhijun WangXuefeng XuChenwu JiangsuProvincialKeyLaboratoryofCropGeneticsandPhysiology,YangzhouUniversity,Yangzhou,225009 *Correspondingauthor,qtls@ Abstract Theimprovementofthequantitativetraitsisverydifficultthroughthetraditionalbreedingmethods. Modernmarkertechnologiesprovidepowerfulmethodstoidentifythegenescontrollingthequantitativetraits.In marker-assistedselection (MAS)breeding,mostresearchesaretoselectthemarker ’sgenotype,ratherthanthe QTLgenotype.Themarker’sgenotypeisobservedreadily,howeveritisnottheQTLgenotypeusually,excepting QTLandmarkerareinthesamelocation.So,theidentificationofQTLgenotypesofcandidateindividualsisthe basisofmarker-assistedselection (MAS)breeding.QTLgenotypeisusuallyinferredbythegenotypesofDNA molecularmarkers.However,itwouldbedifficulttoidentifytheQTLgenotypeswhensomemarkergenotypesare missingorincomplete.Inthispaper,basedonhiddenMarkovchainmodelandBayes ’theorem,amulti-point methodwasproposedtoidentifyQTLgenotypesinfour-waycrossesdesign.Theproposedalgorithmcandealwith dominantandmissin