植物转录因子分类、预测与数据库构建.PDF

生物技术通报 ·特约综述· BIOTECHNOLOGY BULLETIN ( ) 2015, 31 11 :68-77 植物转录因子分类、预测和数据库构建 1 1，2 1，3 1，4 1，5 1 1 1 靳进朴  郭安源   何坤   张禾   朱其慧   陈新  高歌  罗静初 （1. 北京大学生命科学学院 北京大学蛋白质与植物基因研究重点实验室 北京大学生物信息中心，北京 100871 ；2. 华中科技大学生命科学 与技术学院，武汉 430074 ；3. 孟山都公司，美国 ；4. 密歇根大学，美国 ；5. 杰克森基因组医学实验室，美国） 摘 要 ： 转录因子在植物生长发育和应对胁迫等过程中具有重要调控作用，基因组水平上系统预测植物转录因子是研究其 功能和演化的基础。通过深入全面的文献调研，总结了一套完整的植物转录因子家族分类规则，开发了转录因子预测流程，构建 了转录因子预测平台。基于该流程，从83 种绿色植物中预测到129 288 个转录因子，分属58 个家族。对预测到的转录因子，从家 族和个体两个层次进行了详尽注释，构建了植物转录因子数据库PlantTFDB（）。PlantTFDB 提供了覆 盖绿色植物主要谱系的转录因子，其中大部分为具有重要经济价值的单子叶和双子叶植物，已成为植物转录因子功能和演化研究 的重要信息资源和分析平台。 关键词 ： 转录因子 ；转录因子家族分类 ；转录因子预测 ；植物转录因子数据库 DOI ：10.13560/ki.biotech.bull.1985.2015.11.004 ， Classification Prediction and Database Construction of Plant Transcription Factors 1 1，2 1，3 1，4 1，5 1 1 1 Jin Jinpu Guo Anyuan He Kun Zhang He Zhu Qihui Chen Xin Gao Ge Luo Jingchu （1. College of Life Sciences ，the State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research ，Center for Bioinformatics, Peking University ， Beijing 100871 ；2. College of Life Science and Technology ，Huazhong University of Science and Technology ，Wuhan 430074 ；3. Monsanto Company ，USA ；4. University of Michigan ，USA ；5. The Jackson Laboratory for Genomic Medicine, USA ） Abstract: Transcription factors（TFs）play key regulatory roles in both plant development and stress response. Genome-wide prediction of TFs is essential for functional and evolutio