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* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 人有了知识,就会具备各种分析能力, 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书,广泛阅读, 古人说“书中自有黄金屋。 ”通过阅读科技书籍,我们能丰富知识, 培养逻辑思维能力; 通过阅读文学作品,我们能提高文学鉴赏水平, 培养文学情趣; 通过阅读报刊,我们能增长见识,扩大自己的知识面。 有许多书籍还能培养我们的道德情操, 给我们巨大的精神力量, 鼓舞我们前进。 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 随着仪器的发展,紫外CD谱可以测准到185nm。此时Greenfield和Fasman发现,对于 PLL讲,?折叠与无规卷曲两种构象状态的CD谱相交在208 nm。在交点上其平均椭圆值[?]208=-4000 度·厘米2·分摩尔-1。在 ?螺旋态时, =-32.600+4000度·厘米2·分摩尔-1。因此建议改用下列公式来计算?螺旋的含量: ? [练习题]某蛋白质浓度为0.05 mg/ml,光径为10 mm,测得208 nm处的椭圆度值θ208的测量值为-102 m°(毫度),试计算208 nm处的平均残基椭圆度值和该蛋白质中α螺旋的含量。 Fasman等人还提出了?折叠含量的计算方法。其原则是根据[?]208计算出?螺旋,然后假设不同的?折叠的含量X?,并令 XH+ X?+ XR=1 其中XR是无规卷曲的含量。于是认为各不同波长时的[?]? 是各构象组分的贡献的加和。利用计算机算出各波长的[?]?,得出计算曲线。假设一些不同的X?值,分别求出它们相应的计算曲线,找出与实验曲线最接近的曲线。相应于该最接近曲线的X?及XR即认为是该蛋白质的相应结构的含量。此法被Fasman称为方法I。 为了改进计算精度,他们还利用计算机将公式及从方法I得到的X?及XR的数值反复修正,使最后的拟合曲线与实验曲线之差变得最小,于是得到更为可靠的XH、X?,及XR值。这种修正的方法被Fasman等称为方法II,其结果与X射线晶体结构的结果比较,?螺旋含量高的蛋白质数据比较好;对于?螺旋含量低,?结构含量较高的蛋白质,数据不够理想。 6.4.2.3用远紫外圆二色谱计算蛋白质的构象含量 ? Fasman等人的计算方法虽然结果比较满意,但是他所用的单一构象的参考数值及曲线来自多聚氨基酸。蛋白质是包括了多种氨基酸的、有特定顺序(即一级结构)的大分子,二者结构不同,因此Fasman所使用的参考数值能否用于蛋白质是一个疑问。如前述,以变性蛋白质的 CD谱与PLL无规卷曲的 CD谱比,两者有相当的不同,因此提出了解出蛋白质的参考曲线问题。 Saxena与Wetlaufer提出可以利用已解出晶体结构的蛋白质,算出它们的含量,然后测定这些蛋白质的远紫外CD谱,在这一基础上解出蛋白质在三种构象状态下的参考曲线。 首先他们假设,每一波长的椭圆值是三种构象在该波长的贡献的加和,即 ? 同时服从方程XH+ X?+ XR=1,[?]H,?、 [?]?,?及[?]R,?各是蛋白质的残基全部处于相应的构象时在该波长的椭圆值。XH、X?,及XR值可以由晶体结构解出。由于该方程式有三组未知数,即[?]H,?、[?]?,?及[?]R,?。因此只要有三个蛋白质,即可解出这三根参考曲线。 Wedlaufer等用肌红蛋白,溶菌酶及核糖核酸酶三个蛋白质的实验结果,算出了三根参考曲线,如下图中所示。图中同时列出了Fasman从PLL来的相应曲线。两组曲线相比,颇为相似。在蛋白质中,a螺旋的双负峰的位置也是222 nm及208 nm,但蛋白质的[?]222 比 PLL的[?]222 更负;从 ?折叠看,蛋白质的CD与PLL比较有显著不同,即负峰移到 220 nm,但 195 nm的正峰与?螺旋相似;对于无规卷曲讲,差异更显著,蛋白质的负峰移至192—193 nm处,其[?]只有PLL的三分之二,在222 nm处出现正峰,[?]222 相当于PLL的四倍。 和Wetlaufer等人差不多同时,Chen与 Yang提出了相类似的方法。他们假设,一个蛋白质分子内由三种构象成分组成,即?螺旋,?折叠和无规卷曲,并服从式XH+ X?+ XR=1假设。然后进一步假设,各个波长的[?]值由上述三种构象所共同组成,并且是它们的代数和,即有下列关系: ? 其中,[?]H,?、[?]?,?及[?]R,?各是蛋白质在全部残基都是?
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