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使用Modeltest 帅选核苷酸替换模型 熊荣川 六盘水师范学院生物系 xiongrongchuan@126.com 我 们 使 用 模 型 最 全 的 jModelTest.jar ， 位 置 D:\download\Bio tools softwares\jmodeltest0.1\jModelTest 0.1 package 这个软件的目的是挑选最适合我们所分析的序列文件中核苷酸替代的模型，因此理论上讲是 需要输入一个比对后的核苷酸序列文件。 软件包提供了一些可以作为例子分析的比对序列 D:\download\Bio tools softwares\jmodeltest0.1\jModelTest 0.1 package \examples 。 我们以small.fas 为例来演示怎样使用软件进行模型选择： 打开jModelTest.jar 如上图所示，jModelTest 是一个java 软件。 然后，导入目标分析序列文件small.fas 。 打开之后，程序并未显示序列，但是有三行文字显示了导入情况 接下来计算各种模型的对数似然值 使用默认设置 屏幕上会显示运算进度 计算结束，主界面上会显示各种模型的运算结果，你可以手工比较各种模型的优劣，不过完 全没有必要。因为软件为你提供了一个表工具以列表的方式显示各种模型运算结果 在结果列表中，点击相应的标题，则可以使用该列数值进行排序，如点击-lnL，我们就可以 知道模型GTR+I+G 模型为最优模型。