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人有了知识，就会具备各种分析能力， 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书，广泛阅读， 古人说“书中自有黄金屋。 ”通过阅读科技书籍，我们能丰富知识， 培养逻辑思维能力； 通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平， 培养文学情趣； 通过阅读报刊，我们能增长见识，扩大自己的知识面。 有许多书籍还能培养我们的道德情操， 给我们巨大的精神力量， 鼓舞我们前进。 * * 水化（溶剂化） 描述生物大分子周围的溶剂（水）分子分布。 V. Makarov 等人从实验、理论和模拟等方面综述了这一领域近 5 年的研究进展 。 结论 大多数情况下，生物大分子在溶剂中不仅仅是一般的溶解，在与周围水分子的作用方式上，局域水化模式下水分子的分布更加切合实际，而不同于游离的水分子。 在溶液中，局域化的水分子往往是与大分子缔合在一起的。 描述了接近 DNA 和蛋白质分子表面的界面溶剂分子的结构（分布）。 * 抹香鲸肌红蛋白的水化 水化位置（蓝，实验），水化数密度最大值（黄，MD 模拟） * 肌红蛋白周围溶剂数的 3D 密度分布，由 MD 轨迹切片计算得到。 溶剂密度由肌红蛋白的平均结构覆盖。 等密度线：0.005（蓝），0.01（绿），0.02（黄），0.035（红） （a）由模拟结果得到 （b）由模型预测 * 由 MD 模拟得到的 DNA 周围的溶剂化密度。 最大值（实线）和最小值（虚线） 黄点为 X 射线分析结果。二者符合良好。 * 生物膜与双分子脂质层 最近 10 年，计算机模拟已经深入到能够认识生物膜性质的水平，包括 DNA 与脂质体的相互作用、形成微孔的跨膜肽对脂质体环境的影响、以及挥发性麻醉分子的分配等。 这些模拟中，所有的原子都是受限在小于10 nm 的空间内，这个模型搭起了全原子细节与介观区域之间的桥梁。 以磷脂体中的麻醉剂分子为例进行了研究。 DNA 与脂质体混合物作为重要的生物物质，是因为它们是基因的携带者。 * MD 模拟 5.5 ns 后 DMPC（中性脂质体）/ DMTAP（阳离子脂质体）与 DNA 的联合体构型。（a） 垂直于 DNA 轴 （b）平行于 DNA 轴 。 DNA 和 脂质体的“头” P、N 用球表示， “尾（疏水链）”用棍表示。 各原子的颜色：N, 蓝色；O, 红色；P, 黄色; C（DNA）, 灰色；C （脂质体）, 绿色；H, 暗灰色。 * 形成微孔的跨膜肽对脂质体环境的影响。 5_M2-DMPC 的构型。 MD 模拟 2 ns 后。 脂质体分子用球和棍表示。头端的 N 和 P 原子用蓝色和黄色的球表示。 各原子的颜色：M2 螺旋的 N, 蓝色；O, 红色；C, 灰色；S, 黄色。 * 两种麻醉剂分子进入双磷脂层的分配情况。 MD 模拟 2 ns 后的构型。 水分子和 SDPC 用球棍模型表示，脂质体中的 N 和 P 原子表示为蓝色和绿色的球。F, 黄色；Cl, 亮绿色；Br, 暗绿色；H, 灰色。 * 离子通道 离子通道允许无机金属离子选择性地穿过膜脂质层。 通过基于原子模型和外部溶剂与膜脂质体之间的微观相互作用的 MD 模拟，使我们得以窥探到这类复杂体系的内部过程，允许人们在微观水平上观察离子的渗入（透过）。 在过去的近十年中，随着计算方法的改进，短杆菌肽 A 离子通道的模拟研究从较简单的仅含有蛋白质和少数水分子的模型过渡到复杂的含有大的生物分子和脂质体的体系。现在，用真实的原子模型来模拟一些重要的生物通道几乎是比较常规的工作，如： Escherichia coli porin 的OmpF porin, 机械敏感通道 MscL, Streptomyces lividans 的 KcsA K+ 通道。 * MD 模拟中的被 2 个 Na＋ 离子占据的短杆菌肽 A 通道 * 短杆菌肽 A 通道在 50 皮秒时间间隔内沿 MD 轨迹的 5 个构形的叠合图 * 3 几种常用的预测方法 Ab initio 预测 不依赖已知结构的同源相似物信息，直接预测一个序列对应的蛋白质三级结构（3D 构象） 线段模型（Threading） 通过研究同已知线段序列的吻合度得到结构信息 同源性（Homology）建模 根据序列同源性分析、调整已知结构进行结构预测 * 比较成功的工具和技术 Ab initio 预测 Rosetta, RAMP Threading 3D-PSSM, PhD, 123D Homology 建模 Modeller, SWISS-MODEL * 几种 ab initio 预测方法分析 分子动力学模拟 基于格子的方法 基于局域模型的方法 理论难点： 缺少精确的势能函数 构形空间太大，缺少有效的能量最小化计算策略 * 分子动力学模拟 优点 “真正的” ab initi