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Chapter 2Structure and function of nucleic acids Contents 一、原核细胞与真核细胞 二、DNA结构与功能 三、RNA结构与功能 四、DNA 理化特性 研究背景Background 1. Chargaff 规则( 1949-1951 ) 不同物种的DNA碱基组成不同; 同一生物体的不同组织的DNA的碱基组成相同; [A]=[T],[G]=[C],[A]+[G]=[T]+[C] 2. Wilkins 和Franklin的高质量的X-衍射图 3. Watson 和Crick提出双螺旋模型(1953) DNA双螺旋模型的基本内容 DNA结构的多样性 右手双螺旋(B-DNA):生理条件下最稳定的结构; A-DNA:脱水条件下DNA双螺旋、及生理条件下的RNA双螺旋和DNA-RNA杂合双螺旋中。结构特征:右手双螺旋、螺旋直径2.6nm、螺距2.5nm,11个碱基/周; Z-DNA:存在于CGCGCGCG结晶体结构中。结构特征:左手螺旋、螺旋直径1.8nm、螺距4.5nm、12碱基/周、核酸链骨架显Z字型走行。 DNA的超螺旋结构 (一)原核生物DNA的高级结构 (二)真核生物DNA的高级结构 DNA 的功能 遗传信息的载体: DNA RNA Protein ; 基因的物质基础:核苷酸的排列顺序决定了基因的功能; 基因组(genome):包含了所有编码RNA和蛋白质的序列及所有非编码序列--DNA分子的全序列。 3 RNA Structure and Function 一、信使RNA(mRNA) 二、转运RNA(tRNA) 三、核糖体RNA(rRNA) mRNA(messenger RNA) tRNA(transfer RNA) 结构特点: 稀有碱基:二氢尿嘧啶(DHU)、T、假尿嘧啶(?)、 7甲基嘌呤(mG和mA)等; 三叶草形二级结构:D环、反密码环(有反密码子)、T?环和3?端氨基酸接受臂 倒“L”型三级结构 rRNA (ribosomal RNA) 4 核酸的理化性质及其应用 一、核酸一般的理化性质 二、核酸的变性 三、核酸的复性与杂交 核酸一般的理化性质 紫外光吸收:λmax=260nm特征性吸收峰 定量: OD=1 相当于50?g/ml 双链DNA、 40?g/ml 单链DNA(或RNA)或20 ?g/ml寡核苷酸; 纯度:DNA纯品 OD260/OD280=1.8、 RNA纯品 OD260/OD280=2.0 核酸具有高分子特性 核酸的变性(denaturation) 定义:在某些理化因素作用下,核酸分子互补双链之间氢键断裂,使双螺旋结构松散变成单链的过程。 如:温度、酸碱、有机溶剂、尿素等。 增色效应(hyperchromic effect): 核酸在加热变性过程中260nm波长吸收值( A260 )增加。它反映了核酸双链的解链程度。 解链温度或熔解温度(melting temperature,Tm):核酸加温变性过程中, A260达到最大值一半时的温度。在Tm时,核酸分子内50%的双链结构被解开。 核酸分子中的G+C含量 Tm=69.3+0.41(G+C)% 小于20bp的寡核苷酸:Tm=4(G+C)+2(A+T) 核酸分子长度:分子长, Tm高 核酸分子的均一性:均质核酸Tm范围窄,异质核酸Tm范围宽 离子强度:低离子介质中Tm低且范围宽 核酸的复性 renaturation 核酸的复性(renaturation)又称退火(annealing):变性核酸在一定条件下,两条互补单链重新恢复天然的双螺旋构象。 核酸分子杂交 分子杂交(molecular hybridization):不同来源的核酸经变性和复性的过程,其中一些不同的核苷酸单链由于存在局部碱基互补片段,而在复性时形成杂化双链(heteroduplex)的过程。 AAAA ……An m7Gppp AUG GUG UAA ……………… 5′ 3′ 5 ′帽子结构 密码子 3 ′多聚A尾 5 ′非编码区 编码区 3 ′非编码区 真核生物mRNA:五个部分 (m6A.A.G.C.U) (m5A.A.G.C.U) mRNA的5?帽子结构(cap sequence) — m7GpppNm 5? 5? 7-甲基三磷酸鸟苷(m7Gppp) 7 mRNA转运 核蛋白体体结合 起
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