在干细胞研究中如何应用RNAscope原位杂交技术.PDFVIP

在干细胞研究中如何应用 RNAscope 原位杂交技术 干细胞研究和 RNAscope 原位杂交技术的结合，已经有很多成功的范例。在此列举几 个常见的应用。 一、 干细胞的异质性研究 到目前为止，越来越多的证据显示胚胎干细胞和成体干细胞都是一个异质性的群体， 为了更好地了解这个群体中不同细胞的差异和这个群体共性，以单细胞为研究对象已 经成为干细胞领域的一个热点。结合近几年发展的单细胞测序技术，筛选干细胞不同 个体的差异性和共性，获得的大量数据还需要进一步验证。除了单细胞定量 PCR 的分 析手段外，RNAscope 原位杂交技术可在单细胞水平上同时定量多个 RNA 的转录，是 单细胞测序数据验证的主要手段。 二、 干细胞的干性与分化的信号机制研究 研究干细胞干性维持或干细胞分化过程中信号通路的调节中，即干细胞龛位与干细胞 相互作用研究中，启动信号分子的因子的表达情况是重要的研究内容，但在以往的研 究中往往被空缺，而直接研究信号通路下游蛋白的激活等变化，主要的问题就在于技 术瓶颈。分泌到细胞外的细胞因子如何去检测？Western Blot 和定量 PCR 只能提供组 织整体的细胞因子表达水平，对而 RNAscope 原位杂交可以提供启动信号通路的因子 合成情况的精确分析。为干细胞和发育相关的研究提供了更多的技术手段和线索。最 近在 science 发表的关于心脏干细胞发育过程中信号通路研究的报道中，除了研究 BMP 信号通路下游信号分子如 smad 的激活情况分析，还应用 RNAscope 原位杂交，检 测了发育过程中 BMPs 的表达情况，更加全面的阐述了 BMP 信号通路对心脏干细胞分 化发育的调控作用，值得我们借鉴[1]。 图A 胚胎发育 9.5 天心脏中 BMP4 的表达情况 图 RNAscope 原位杂交检测 BMP4\BMP2 的表达与免疫组化检测SMAD4 ，pSmad1\5\8 结合显示 BMP 信号通路在心脏发育过程中的调控作用。 三、 干细胞中 LnRNA 的研究 在干细胞的生物学功能中，LnRNA 发挥了非常重要的调控作用。对 LnRNA 的细胞内检 测，RNAscope 原位杂交技术已经成为研究者的首先。最近在 nature communications 发表的一篇关于 ESC 全能性条件机制研究的文章中，在验证 LnRNA 细胞内表达的试验 中，研究者就选择了 RNAscope 原位杂交技术，结果清晰直观[2]。 RNAscope 原位杂交在干细胞的应用才刚刚起步，其它的应用实例请参考 ACD 官网 （/applications）中的后续讨论。 References: [1] Jain R, Li D, Gupta M, Manderfield LJ, Ifkovits JL, Wang Q, et al. HEART DEVELOPMENT. Integration of Bmp and Wnt signaling by Hopx specifies commitment of cardiomyoblasts. Science 2015;348:a6071. [2] Boo K, Bhin J, Jeon Y, Kim J, Shin HJ, Park JE, et al. Pontin functions as an essential coactivator for Oct4-dependent lincRNA expression in mouse embryonic stem cells. Nat Commun 2015;6:6810.