基于RNA-seq的能源植物芒转录组分析.PDFVIP

生 物 工 程 学 报 张贤 等/基于RNA-seq 的能源植物芒转录组分析 1437 Chinese Journal of Biotechnology /cjbcn October 25, 2015, 31(10): 1437−1448 DOI: 10.13345/j.cjb.150026 ©2015 Chin J Biotech, All rights reserved 研究报告 基于RNA-seq 的能源植物芒转录组分析 1 1 1 1 1 2 3 张贤 ，王建红 ，喻曼 ，曹凯 ，庄俐 ，徐昌旭 ，曹卫东 1 浙江省农业科学院环境资源与土壤肥料研究所，浙江 杭州 310021 2 江西省农业科学院土壤肥料与资源环境研究所，江西 南昌 330200 3 中国农业科学院农业资源与农业区划研究所，北京 100081 张贤, 王建红, 喻曼, 等. 基于RNA-seq 的能源植物芒转录组分析. 生物工程学报, 2015, 31(10): 1437–1448. Zhang X, Wang JH, Yu M, et al. Transcriptome analysis of bioenergy plant Miscanthus sinensis Anderss by RNA-Seq. Chin J Biotech, 2015, 31(10): 1437–1448. 摘 要: 芒 (Miscanthus sinensis Anderss) 是多年生C4 草本植物，可为能量和纤维素产品生产提供高品质的木质 纤维素材料，是一种理想的能源植物。采用Illumina HiSeq™ 2000 高通量测序技术，对芒花芽和叶芽进行转 录组分析。经拼接组装共获得98 326 个Unigene ，序列平均长度822 bp, N50 为 1 337 bp。将Unigene 序列与 NR 、NT 、Swiss-Prot 、KEGG 、GO 和 COG 数据库进行比对 (Evalue1e-5) ，共有74 134 条Unigene 获得了 基因注释，占总Unigene 的75.40% 。其中，通过GO 功能分类，45 507 个Unigene 映射到GO 不同的功能节点 上；通过KEGG pathways 分析，共有36 710 个Unigene 参与了 128 个代谢通路；比对到同源序列比例最高的 物种分别为高粱 (37 731 ，60.86%) 、玉米 (16 258 ，26.22%) 、水稻 (3 065 ，4.94%) ，共占所有同源序列的92.02% 。 此外，获得了芒C4 关键酶相关基因24 个。这些注释信息的完成为芒功能基因及相关候选基因的发掘提供了重 要依据。 关键词: 芒，转录组，RNA-seq ，基因注释 Received: January 16, 2015; Accepted: March 30, 2015 Supported by: Special Fund for Agro-scientific Research in the Public Interest (No. 201103005), Zhejiang Provincial Natural Science Foundation (No. LY14D010004). Corresponding author: Xian Zhang. Tel/Fax: +86-571 E-mail: zhangxian0399@126.com 公益性行业 (农业) 科研专项 (No. 201103005) ，浙江省自然科学基金 (No. LY14D010004) 资助。 1438 ISSN 1000-3061 CN 11-1998/Q Chin J Biotech