复杂网络视角研究反应系统.PDF

统计物理与复杂系统研究前沿进展专题 复杂网络视角研究反应系统 1 2 韩定定 朱 亮 （1 上海市多维度信息处理重点实验室 200241 ；2 中国科学院上海应用物理研究所 201800 ） 网络科学作为统计物理与复杂性科学的一个重 要分支，在近十几年中取得了长足的发展。巴拉巴希 （A-L. Barabási ）等人提出的“无标度”模型和瓦茨 （D. Watts ）等人提出的“小世界”模型用简洁优雅 的规则开创性地描述了现实世界的复杂系统。网络的 思想源于图论这一研究顶点和边所组成图形的数学分 支，它将系统中的个体看作节点，个体间的关系看作 边，将节点连边的数量称为度值。 “无标度”模型认 为，新加入的节点在连边时服从 “偏好依附”规律， 即更加倾向于连接度值大的节点，最终形成的网络所 P k k-a k 图1 “六度分离”理论由哈佛大学心理学教授米尔格拉姆（S. 有节点的度值呈 （）= 形式的幂律分布（ 为度 Milgram ）于1967 年提出，他通过信件传递实验发现，人类社 a a 值， 为幂律分布指数，常见网络的 值在2 到3 之 会是一个小世界，人与人之间的通信平均只需要6 个中间人的 k 间），这种分布下 的取值可以相差悬殊，无法用一 距离（图片来源：/wiki/File:Six_degrees_ k 个值标度 的范围，故模型被称为 “无标度”。“小 of_separation.svg ） 世界”模型解释了著名的 “六度分离”现象（图1）， 生物代谢网络 发现现实世界中许多系统介于规则网络与随机网络之 2000 年，郑（Jeong ）等人首先从复杂网络的视 间，具有较短的平均最短路径（两个节点之间的边数） 角研究了大规模代谢网络，该工作发表在《自然》杂 和较高的聚类系数（节点的两个邻居相互也是邻居的 志上，揭示了生物体网络的一种优化的组织结构。他 概率）。一个远方的朋友，或是一个出国的亲戚就能 们分析了涉及生命三大领域的43 种有机体，如古细菌、 大大扩展社交范围；人与人之间往往只需要通过几个 大肠杆菌（细菌）、秀丽隐杆线虫（真核细胞），将 人就能联系上，相对于几十亿的人口，我们所处的世 代谢涉及的物质作为节点，如核糖、ATP （三磷酸腺苷）、 界真不大。这些研究工作将图论与统计物理、计算机、 酶，将这些物质的反应关系作为边，连接成43 张网络。 生物乃至社会学等诸多学科进行了交叉，将科学的疆 以大肠杆菌为例绘制的代谢网络如图2 所示，包括9 域拓展到了新的广度与深度。 种反应物、产物和3 种酶，这 12 个节点只是大肠杆 在各种复杂系统中，有一类个体关系比较常见但 菌网络的一小部分，每种有机体的完整网络都有成百 又相对特殊，它就是反应关系，如化合物反应、蛋白 上千个节点。尽管组成要素、代谢通路不同，这些代 质代谢。反应关系具有物质转变这一独特的属性，有 谢网络都具有相同的 “无标度”属性，与一些非生物 别于其他研究对象，如社会中的人际关系、计算机网 系统的组织结构有着惊人的相似性。虽然43 个网络 络中的设备互联、交通系统中的输运集散，这些系统 的节点总数各不相同，有100 多的，有800 多的，但 的个体相对独立存在，个体本身没有消耗、生成等具 是它们的网络直径（所有最短路径中的最大值，是衡 有动力学特征的关系。复杂网络关于反应关系的研究 量网络传导性能的一个指标）却近乎恒定，约为3.3， 开始于生物系统，并逐步扩展到各个领域。 直径的值与网络节点数呈对数关系，这说明生物体在