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双序列比对 为什么要序列比对 提出问题： 一个基因或蛋白质，它是否和其他的基因或蛋白质相关？ 基本假设： 序列的保守性 功能的保守性 基因或蛋白质的相关性分析---序列比对 蛋白质比对: 通常比DNA比对具有更丰富的信息 理由 DNA序列的许多改变(特别是在密码子的第三位)不会改变对应的氨基酸 许多氨基酸有相似的生物物理性质,在比对时可以用一打分系统来描述这些相关的氨基酸之间的重要相关性 蛋白质序列比对能确定来自各物种的同源序列,只要这些物种有一个10亿年前的共同祖先,对比之下,DNA序列比对一般情况下只能回溯到6亿年前. 在一些情况下,比较核苷酸序列比较合适 在确认给定DNA序列和DNA数据库中的序列的一致性时 在搜索多态性时 在分析所克隆的cDNA片段的一致性时 同源性,相似性,一致性的概念 如果两条序列有一个共同的进化祖先,那么它们是同源的(homology) 同源蛋白总是在三维结构上有显著的相似性(similarity) 当两条序列同源时，它们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性(identity) ------同源性是序列同源或不同源的一种论断，而一致性和相似性是一种描述序列相关性的量 同源性： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。 就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。 相似性： 是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。 比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。 相似性和同源性关系 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源。 正因为存在这样的关系，很多时候对序列的相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序列的同源性为80％一说。 序列相似性比较和序列同源性分析 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； 同源的蛋白质其同源性特征可能是直系同源(orthologous)或只是旁系同源(paralogous) 直系同源序列是不同物种内的同源序列，它们来自于物种形成时的共同祖先基因 旁系同源基因是通过类似基因复制的机制产生的同源序列 直系同源(orthology)是比较基因组学中最重要的定义。直系同源的定义是： (1)在进化上起源于一个始祖基因并垂直传递(vertical descent)的同源基因； (2)分布于两种或两种以上物种的基因组； (3)功能高度保守，甚至于其在近缘物种可以相互替换； (4)结构相似； (5)组织特异性与亚细胞分布相似 旁系同源(paralogy)基因是指同一基因组(或同系物种的基因组)中，由于始祖基因的加倍而横向(horizontal)产生的几个同源基因。 例如鼠的a球蛋白和b球蛋白基因是paralogy 直系与旁系的共性是同源，都源于各自的始祖基因。其区别在于： 在进化起源上，直系同源是强调在不同基因组中的垂直传递，旁系同源则是在同一基因组中的横向加倍； 在功能上，直系同源要求功能高度相似，而旁系同源在定义上对功能上没有严格要求，可能相似，但也可能并不相似(尽管结构上具一定程度的相似)，甚至于没有功能(如基因家族中的假基因)。 双序列比对 双序列比对是排列两条序列以达到最大程度相同(在氨基酸比对的情况下是最大程度保守性)的过程 双序列比对的目的是衡量两个分子的相似性和同源性的可能性 双序列比对可以作为一个有用的工具来确定那些在进化过程中发生的并且导致我们所研究的两条蛋白质序列产生分歧的突变 替换 在比对结果是在同一位置上出现两个不同的氨基酸 插入,删除