中华大学生物资讯学系系统开发专题报告引子压缩演算法之研究引子 .PDF

中華大學生物資訊學系系統開發專題報告 引子壓縮演算法之研究引子壓縮演算法之研究 引子壓縮演算法之研究引子壓縮演算法之研究 A study on the algorithm for primer degeneration 專題組員 :林映菁 、何賢明、陳文珮、吳欣娜 指導老師 :侯玉松老師 專題編號 :PRJ2007-BIOINFO-9303 執行期間 :96年2月 至97年1月 一、摘要 黏合的位置不一定會在3’端或5端， DNA微陣列晶片(DNA microarray)為 而是有可能黏合在任一位子 ，甚至引 近年來廣受眾人矚目的生物技術 ，在 子和引子之間也會互相黏合 ，進而影 檢測過程中 ，需使用聚合酶鏈結反應 響實驗的結果 。 (polymerase chain reaction, PCR) 2.基因組導向引子(genome-directed 複製檢體 ，引子(primer)的挑選決定 primers, GDPs) 了實驗結果的好壞與成本 ，為了減少 以前的基因體定序技術不夠完整 ， 引子的製作成本 ，先使用雜湊(hash) 所以使用隨機引子的方式來進行 法做引子挑選 ，再做引子數量簡化， PCR，然而現今基因體定序技術發展成 減少引子數量 。 熟，可由已定序之 ORF中尋找出較佳之 引子 ，此引子稱為基因組導向引子。 關 鍵 詞 :DNA 微 陣 列 (DNA (二)什麼是DNA微陣列? microarray) 、 聚 合 酶 鏈 結 反 應 1.DNA微陣列在微小面積上種植高 (PCR)、引子(primer) 、雜湊(hash) 密度的引子探針(probe)，做為大量篩 法。 檢及分析的工具 。 二、簡介 (一)什麼是引子(primer)？ 通常是將數千或數萬個不同種類的 PCR的流程從將雙股的DNA經加熱後 DNA或cDNA，以高密度點陣固定在表面 成為單股的DNA，單股的DNA被引子經 經過化學處理的載體表面上 。再與樣 黏合的步驟而連接於各別股的一端 ， 本進行雜交試驗(hybridization)。由 而黏合這個步驟則是令引子於一定的 於DNA為雙股螺旋結構具有互補的專 溫度下附著於模版 DNA兩端 。作為引 一特性 ，樣本中的螢光標記分子，會 子。可當作DNA複製的起點及終點 。引 雜交固定在cDNA微點陣玻璃上含有互 子的鹼基對順序與DNA成互補 。使引子 補的核酸序列探針的點 ；再經過清洗 與DNA單鏈做互補性的結合 。 將沒有雜交的樣本核酸去掉 ，就可以 1.隨機引子(random primers) 記錄下有雜交反應的點的位置 。如圖