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第二章 生物信息学研究方法概述 马飞 南京师范大学 比较基因组学与生物信息学实验室 * * 一、生物信息学研究方法概述 1 生物信息学研究的三个层面 初级层面 中级层面 高级层面 初级层面 基于现有的生物信息数据库和资源，利用成熟的生物信息学工具（专业网站、软件）解决生物信息学问题 ——生物信息数据库（NCBI、EBI等） ——基因组序列分析、序列比对软件（GCG、BLAST、CLUSTAL等） ——系统发育树构造软件（PHYLIP、PALM、MEGA等） ——分子动力学模拟软件（GROMACS、NAMD等） ——搜集、整理有特色的生物信息学数据集 中级层面 利用数值计算方法、数理统计方法和相关的工具，研究生物信息学问题 ——概率、数理统计基础 ——科学计算基础 ——现有的数理统计和科学计算工具（EXCEL、SPSS、SAS、 MATLAB等） ——建立有特色的生物信息学数据库 高级层面 提出有重要意义的生物信息学问题；自主创新，发展新型方法，开发新型工具，引领生物信息学领域研究方向。 ——面向生物学领域，解决生物学问题 ——数学、物理、化学、计算科学等思想和方法 ——建立模型，发展算法 ——自行编程，开发软件，建立网页（Linux系统、C/C++、PERL、 数据库技术）