第五章系统发生分析.pptVIP

系统树构建流程 小考 一、名词解释：生物信息学、FASTA序列格式 、BLAST、多序列比对 、系统发育树 二、问答题 BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途是什么？ 作业 论述生物信息学的发展历史和趋势。 Rooted by outgroup archaea archaea archaea eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote bacteria outgroup root eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote 无根树 archaea archaea archaea 有根树，无根树，外围群 有根树 外围群 物种树： 代表一个物种或群体进化历史的系统发育树 两个物种分歧的时间：两个物种发生生殖隔离的时间 基因树： 由来自各个物种的一个基因构建的系统发育树（不完全等同于物种树），表示基因分离的时间。 a b c d e f 基因分裂 基因分裂 基因分裂 物种分裂 系统发育树的种类 ——基因树、物种树 期望树： 一个用无限长的序列或每一分支的期望替代数构建的树 理论上： 假设所研究的序列无限 长，从中随机抽样进行 统计分析。 实际情况： 所研究的序列是短序列， 统计得到的替代数目存