转录组分析_R.pptx

基因组表达测序数据分析;;1991年Adams开创了EST测序，对每个转录本测定400-500bp 的标签序列，一般每个cDNA文库测序通量为数万个EST。至今，EST数据已经成为数量最多，涉及物种最广的转录组数据。NCBI设立了专门的数据库dbEST来存放这些数据。 1995年Velculescu建立了短标签来标识法SAGE测序方法，利用转录本3’端第一个CATG位点下游14p长的短标签来标识相应的转录本。SAGE方法相比EST测序在通量上有了很大提高，一个SAGE文库通常能够测序几十万个短标签，使得转录组测序通量大大提高。但是由于SAGE标签仅14bp，很难唯一注释到相应转录本，大量实验得到的SAGE标签无法定位到基因。 之后Saha提出了LongSAGE方法，将SAGE标签长度增加到21bp，使得直接基因组注释成为可能。 衍生了一系列基于21bp标签的测序方法，如CAGE，MPSS，PET等，但是21bp的短标签注释仍然存在很多问题，目前实验得到??标签约有一半无法注释到基因组。;RNA-Seq;Total RNA样品检测;检测报告-合格样品;消化DNA;真核mRNA的纯化;mRNA反转录;末端修复 cDNA 3′末端加A Adapter连接;不同方法比较;新一代测序技术;;Cluster station;生物信息分析;有参考基因组序列生物信息分析;有参考基因组序列信息分析流程;Reads 在基因组上的分布;基因结构优化; 鉴定基因可变剪接;鉴定融合基因;新转录本预测;N Eng J Med 2009;;无参考基因组生物信息分析;De novo reads组装流程;Unigene GO 分类;Unigene COG 功能分类;基因表达差异分析;Alternative splicing and isoform;Unigene pathway 富集性分析;Pathway富集性分析列表