第七章 (质量值说明)Data_Process.pdf

第第第第2222章章章章数据的基本处理数据的基本处理数据的基本处理数据的基本处理 第第第第2222章章章章数据的基本处理数据的基本处理数据的基本处理数据的基本处理 • 2.1 测序原理介绍 • 2.2 峰图转化Phred • 2.3 序列提取Phd2Fasta • 22..44 载体屏蔽载体屏蔽CrossmatchCrossmatch • 2.5 聚类拼接 • 2.5.1 pphrapp • 2.5.2 cap3 • 2.6 图形查看Consed • 2.7 引物设计Primer3 测序原理介绍测序原理介绍测序原理介绍测序原理介绍 测序技术的发展测序技术的发展 • 7070年代末年代末，WWallter GilbGilbert 化学法化学法 Frederick Sanger 双脱氧链终止法 手动测序，同位素标记 • 80年代中期，自动测序仪（应用双脱氧链终止法原理） 荧光代替同位素，计算机图象识别 • 90年代中期年代中期，测序仪测序仪重大改大改进 集束化的毛细管电泳代替凝胶电泳 • 2001年完成人类基因组框架图 测序原理介绍测序原理介绍测序原理介绍测序原理介绍 链终止法的原理： • 单条DNA链为模板，合成互补链 • 合成过程中在合成过程中在2’2’脱氧核苷酸脱氧核苷酸 （（ATGCATGC ））中中，加入标记加入标记 过的2’3’双脱氧核苷酸，使合成互补链的反应终止 • 得到大量终止处带有标记的DNA片段。 • 通过电泳分离分离这些片片段来读来读出序列序列。 dNTP and ddNTP Add ： DNA polymerase I dATP dCTP dGTP dTTP ddATP ddCTP ddGTPddGTP ddTTP 第第第第2222章章章章数据的基本处理数据的基本处理数据的基本处理数据的基本处理 • 2.1 测序原理介绍 • 22..22 峰图转化峰图转化PhredPhred • 2.3 序列提取Phd2Fasta • 22.44 载体屏蔽载体屏蔽CCrossmattchh • 2.5 聚类拼接 • 2.5.1 phrap • 2.5.2 cap3 • 22.66 图形查看图形查看CConsedd • 2.7 引物设计Primer3 PhredPhredPhredPhred简介简介简介简介 • Phil Green Brent Ewing, University of Washington /phredphrapconsed.html PhredPhredPhredPhred下载下载下载下载安装安装安装安装 • Download: – /consed/consed.html#howToGet • Install: uncompress = make = set path 1．C shell ,tcsh ： % setenv PHRED_PARAMETER_FILE //usr/l/local/Phl/PhredPdPar//phhreddpar.ddatt 2．sh,bash： $P$PHREDHRED_PARAMETERPARAMETER_FILE=/usr/local/PhredPar/phreFILE=/usr/local/PhredPar/phre dpar.dat $$ expport PHRED_PARAMETER_FILE “__no_matching_string__ unknown unknown unknown end chem_list PhredPhredPhredPhred运行运行运行运行 • 基本命令： •• phredphred -idid chromat_dirchromat dir-pdpd phdphd_dirdir - trim_alt “” -trim_cutoff 0.05 • QQ 和和PePe 相关相关：