血管性血友病因子和GPIbα相互作用的分子动力学模拟.pdfVIP

摘 要 血栓症（thrombosis ），如中风和急性心肌梗塞，严重危害人类健康。动脉血 栓形成是由多种因素共同调节的复杂过程，包括血小板在破损血管壁处的初始粘 附、血小板的稳定粘附、以及血小板聚集等三个重要阶段，但其微观过程以及调 控因素尚不明晰。因此，本文利用全原子模型和分子动力学（Molecular dynamics ， MD ）模拟方法，结合MM-PBSA （molecular mechanics-Poisson-Boltzmann surface area，分子力学-泊松-玻尔兹曼方程-表面积计算）自由能分解，展示初始粘附过 程中血管性血友病因子（von Willebrand factor ，VWF ）与血小板表面糖蛋白受体 GPIbα的结合过程，以阐释其关键作用力和调控因素，解析动脉血栓形成过程中 血小板初始粘附的分子机理。 本文首先构建 VWF A1 结构域和 GPIbα的全原子模型。然后，利用MD 模 拟方法考察 VWF A1 结构域与 GPIbα复合物中二者的相互作用细节，以及二者 在纯水和生理盐水中的结合过程。最后，利用 MM-PBSA 自由能分解解析VWF A1 结构域和 GPIbα结合的微观相互作用，并阐明其关键作用力和关键作用位点。 动力学研究发现，水中 VWF A1 结构域与 GPIbα 的结合过程比生理盐水中 更快。静电势能表面分析表明，二者在结合界面上存在电荷相反的区域，因而静 电相互作用可能是二者结合的主要驱动力。进而，自由能分解结果表明，VWF A1 结构域与 GPIbα 的初始结合由长程的静电相互作用推动，而最终复合物的稳定 形成是由疏水性相互作用维持。结合自由能分解和残基作用对分析，确定 GPIbα 中的 E14 ，E128 ，D175 ，D83 ，E151 ，D106 ，D63 ，E5 ，D18 ，E225 ，D235 和 VWF A1 结构域中的 K608 ，K569 ，K644 ，R571 ，K572 ，R636 ，K599 是推动初 始结合的关键氨基酸残基。而在稳定的复合物形成阶段，72% 的有利自由能贡献 来自疏水性相互作用，其中氨基酸残基 F199 ，M239 ，Y600 和 F603 对于复合物 形成至关重要。 本文的研究结果已初步解析 VWF A1 结构域和 GPIbα相互作用的分子机制， 阐明动脉血栓形成过程中血小板初始粘附的关键作用力及其调控因素，确定其分 子机理，为新型抗血栓试剂的开发奠定理论基础。 关键词：动脉血栓形成；血管性血友病因子；GPIbα；分子动力学模拟；自由 能分解；分子机理 ABSTRACT Thrombosis is associated with serious diseases, such as stroke and acute myocardial infarction, which are harmful to human health. Arterial thrombus formation is a complicated process regulated by many factors and it is considered to have three important stages, including initial platelet adhesion to sites of vascular injury, firm platelet adhesion and platelet aggregation. However, the microscopic information about arterial thrombus formation and its regulation are far from adequate. Therefore, all-atom models and molecular dynamics (MD) simulations coupled with molecular mechanics-Poisson-Boltzmann surface area method (MM-PBSA) ar