L2 分子细胞遗传学实验室 - 阳明大学.DOC

L2 分子細胞遺傳學實驗室 Molecular Cytogenetics Laboratory 實驗室主持人：陳燕彰 協同主持人：武光東 壹、背景資料 最近，染色體螢光原位雜交技術 (in situ hybridization) 大幅度改良，結合細胞遺傳學、分子生物學、螢光顯微技術及電腦影像處理，發展出新的基因篩檢及定位技術，稱為螢光染色體原位雜交技術 ( Fluorescence in situ Hybridization; 簡 稱FISH ) ，基因體雜交比較法 (Comparative Genomic Hybridization ; 簡稱 CGH; Kallioniemi et al., 1992)array-CGH)，頻譜式染色體分析 (Spectral Autokaryotyping; 簡稱 SKY; Schrock et al., 1996) (multicolor/multiplex FISH; 簡稱 mFISH; Speicher et al., 1996)，為癌症研究帶來新的方向。 本核心實驗室已有CGH，SKYmFISH 設備，將增設及其他基因篩檢及定位技術之軟硬體，標準化及最佳化各種操作流程，並培訓研究工作人員。 先前本校為執行國科會尖端計劃，已於校內建立分子細胞遺傳學實驗室，主要利用CGH技術從事癌組織基因體變化之分析；自1997年迄今，已分析超過00例各種不同的人類癌組織，尋找與癌症相關之腫瘤基因及腫瘤抑制基因，成效良好。本核心實驗室利用CGH技術分析之人類癌組織包含肝癌，鼻咽癌 ，卵巢癌 ，子宮頸癌 ，，，胃癌及腦瘤 ，在過去年內，已完成超過例各類標本。3. 利用CGH分析眾多的人類癌組織，，，。 二、核心技術簡介 Fluorescence in situ hybridization（FISH） 利用螢光標定之DNA 探針，藉由hybridization的過程，在染色體上將基因或DNA定位。 Comparative genomic hybridization（CGH） 利用兩種不同的螢光分別標定兩種不同組織細胞的Genomic DNA ，再同時與正常的染色體進行hybridization的過程，藉由比較染色體上不同螢光間的強弱比值，而偵測基因體中之特定基因的拷貝數變異（copy number changes）。 Spectral karyotyping (SKY) 利用各個特異的染色體探針，以多種螢光試劑加以標定後與待測的染色體進行hybridization，利用螢光試劑光波頻譜的差異，藉由光波頻譜分析，可使得個別的染色體具有其特定的頻譜組合，並藉由軟體設定不同顏色給個別的染色體。藉由顏色區別，即可快速且正確的進行細胞的核型（karyotype）分析。 Array-based Comparative genomic hybridization (array-CGH) 基本原理同於CGH，但是將原有的染色體微陣列BAC Contig，可大幅提升CGH 之解像力。 三、服務相關之研究發展 研究目標 1. 與肝癌研究計畫合作，利用CGH與SKY技術針對原發肝癌與再發肝癌之基因體變異進行比對分析。 2. 由於惡性腫瘤之基因體常常包含許多類型之變異，且不易區分這些基因體變異與癌化過程間之因果關係，因此，我們計畫針對良性肝腫瘤及一些早期肝病變組織，如再生性結節（Regenerated Nodules）及肝硬化組織 （Cirrhosis Tissue）進行基因體變異分析。 3. 利用肝腫瘤之基因體變異圖像（Genome Aberration Profile）來鑑定腫瘤組織之株源（Clonality）。 4. 利用CGH與SKY技術偵測肝腫瘤之遺傳物質不穩定性（Genetic instability），並結合臨床資料以建立肝癌之預後或診斷工具。 5. 進行不同肝癌細胞株間之基因體變異比較，並與其細胞功能相對照。 四、與其他計劃之互動 C1（Sequencing Center） 殖株定序前，本核心實驗室將以FISH技術做其相關位置之定位，以確認不同株彼此之排序。利用CGH與SKY得到之基因體變異區，將交由定序中心做進一步分析。，。C2（Gene Expression Analysis Center） 利用CGH與SKY得到之基因體變異區之株，亦可作成微陣列，提供更方便及更精確的分子細胞遺傳學實驗操作；譬如，利用BAC Contig 之微陣列代替染色體作為雜交模板，可大幅提升CGH 之解像力，， ，。C3（Bioinformatics Center） CGH， 與 SKY得到之癌症基因體變異區，可作成分子細胞遺傳學資料庫，提供其他基因體分析工作，如LOH study (L1 Genotyping Lab) 之參考。