蛋白质组学研究中常用的网站和数据库 - 生物在线.DOCVIP

蛋白质组学研究中常用的网站和数据库 蛋白质, 数据库, 研究 本帖引用网址：/thread-35586-1-1.html 一、蛋白质数据库1.UniProt (The Universal Protein Resource) ??网址：/? ?? ???http://www.ebi.ac.uk/uniprot/??简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供详细的蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等，同时提供其他数据库，包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。2.PIR(Protein Information Resource)??网址：/??简介：致力于提供及时的、高质量、最广泛的注释，其下的数据库有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用。3.BRENDA(enzyme database)??网址：??简介：酶数据库，提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据。4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)??网址：http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html??简介：哺乳动物蛋白复合物数据库，提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等5.CyBase(cyclic protein database)??网址：.au/cybase??简介：环状蛋白数据库，提供环状蛋白的序列、结构等数据，提供环化蛋白预测服务。6.DB-PABP??网址：/DB_PABP/??简介：聚阴离子结合蛋白数据库。聚阴离子结合蛋白与聚阴离子的互作在胞内定位、运输、蛋白质折叠等生命过程中起重要作用，此外许多与神经衰退疾病相关的蛋白质均为聚阴离子结合蛋白。该数据库提供已被鉴定的聚阴离子结合蛋白的数据，与NCBI蛋白数据库存在交叉应用。7.IUPHAR-DB??网址：??简介：G蛋白偶联受体、离子通道数据库。提供这些蛋白的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多样性等数据。8.GLIDA??网址：http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/　简介：G蛋白偶联受体-配体数据库，提供G蛋白偶联受体-配体互作数据、配体数据、G蛋白偶联受体数据、同源受体关系网、保守识别区，为新药发现提供了支持。9.LOCATE????网址：.au/??简介：哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库10.InterPro??网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/??简介：蛋白质综合数据库，从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库。11.OKCAM??网址：??简介：人体细胞粘附分子数据库。二、蛋白质组数据库1.GELBANK ??网址：??简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱，搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索。2.SWISS-2DPAGE??网址：/ch2d/??简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D参考图。3.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)??网址：/??简介：通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库。当蛋白质某一氨基酸残基发生改变时，其质谱图也会发生改变，通过蛋白质质谱图的改变，检测与疾病相关的突变。4.Sys-BodyFluid??网址：/bodyfluid/??简介：人体体液蛋白组研究数据库。提供人体各种体液的蛋白质组数据，包括血浆/血清、尿液、乳汁、泪、汗液、唾液、骨髓液、脑脊液、胃液等。5.BloodExpress??网址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/??简介：小鼠造血过程基因表达数据库6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)??网址：http://centrosome.dacya.ucm.es??简介：人体中心体蛋白数据库7.ConsensusPathDB??网址：http://cpdb.molgen.mpg.de??简介：人类功能作